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iChemLabs一直致力于為化學(xué)家生產(chǎn)高質(zhì)量、經(jīng)濟(jì)實惠且可持續(xù)的工具。創(chuàng)建化學(xué)信息學(xué)和化學(xué)圖形軟件。制品包括ChemDoodle 3D、化學(xué)涂鴉2D、ChemDoodle Web組件等幾款化學(xué)工作工具。產(chǎn)品被Global數(shù)千家機(jī)構(gòu)使用，我們的工作為行業(yè)中一些重要的工具和公司提供動力。
化學(xué)的新視角
美麗的科學(xué)模型
我們花了很長時間仔細(xì)檢查ChemDoodle 3D中生成的模型。在旋轉(zhuǎn)渲染圖時，仔細(xì)觀察渲染圖，以觀察債券朝向相機(jī)的方向；場景中的每個對象網(wǎng)格都是為了與其他網(wǎng)格合并而構(gòu)建的。
整個可指定
ChemDoodle 3D中的整個渲染都由您定義的樣式控制。這些樣式可以應(yīng)用于整個場景、選定的內(nèi)容或單個對象。
高等文本系統(tǒng)
ChemDoodle 3D的高等3D圖形引擎可以漂亮地渲染文本。使用它來顯示原子標(biāo)簽和更多。您可以自己控制字體、大小和顏色。
自定義元素顏色集
除了預(yù)定義的Jmol、Rasmol、PyMOL和CDK顏色集，您還可以手動定義自己的元素顏色集以應(yīng)用于分子渲染。
預(yù)測
正交投影和透視投影都可用，并且可以即時切換。
透明度
它們讓你看穿場景中的物體。ChemDoodle 3D允許你渲染有背面或沒有背面的透明物體。
表面
ChemDoodle 3D可以為任意數(shù)量的原子生成多種表面類型和顏色函數(shù)。用其他編輯無法做到的方式來可視化你的結(jié)構(gòu)空間。你可以自定義網(wǎng)格算法，顯示類型，法線，顏色等等。有不同類型的表面可供選擇，包括范德華表面(VDW)、溶劑可及表面(SAS)和溶劑不可及表面(SES，Connolly)。
軌道
查看基于量子數(shù)的原子軌道模型軌道小部件。很多選項可用于自定義圖形，然后可以輸出到圖像。這是觀察不同軌道形狀的好方法。
伽馬校正
伽瑪校正會改變圖形的亮度模式，以補(bǔ)償顯示器的非線性亮度物理特性。ChemDoodle 3D默認(rèn)標(biāo)準(zhǔn)值為2.2，但是您可以根據(jù)您的屏幕進(jìn)行適當(dāng)?shù)母摹?/p>
輕松創(chuàng)建超逼真的圖像、草圖、卡通、繪畫和更多藝術(shù)插圖
著色器程序
著色器程序是發(fā)送到顯卡的關(guān)于如何生成3D圖形的指令。ChemDoodle 3D為您提供了幾個內(nèi)置著色器來渲染您的圖形，以創(chuàng)建塑料等逼真的樣式和卡通等不真實的樣式。ChemDoodle 3D中的著色器還提供了其他功能，如輪廓和陰影。
渲染器
渲染器是一個完整的過程，在這個過程中，我們使用一個或多個著色器與顯卡進(jìn)行通信，以生成圖像。在簡單的過程中，只需對顯卡進(jìn)行一次調(diào)用，我們就可以傳入場景數(shù)據(jù)，并用一個著色器程序生成一幅圖像。這就是我們所說的正向渲染器。在ChemDoodle 3D中，你會發(fā)現(xiàn)3種不同類型的渲染器的樣式:(1)正向渲染器(2)Yan遲渲染器和(3)后效渲染器。
抗鋸齒
刪除鋸齒可刪除圖形中粗糙的像素邊緣(稱為鋸齒)。ChemDoodle 3D支持硬件(MSAA)和軟件(FXAA)抗鋸齒。
陰影
可定制的實時動態(tài)陰影為您的圖形增添了強(qiáng)烈的真實感。
3D紋理
紋理將曲面樣式應(yīng)用于場景中渲染的對象。這是通過定義一些三維圖案來實現(xiàn)的，類似于你在一塊木頭上切割時看到的三維圖案。然后，根據(jù)這種模式制作出對象來生成圖形，這樣您就可以生成許多有趣的樣式。從花崗巖紋理、木材、條紋等多種材質(zhì)中選擇。
蒙上水汽
使用線性、exp1和exp2算法定義霧化。借助這些功能，為您的圖形賦予難以置信的深度，或?qū)Ｗ⒂谔囟ú糠帧?/p>
屏幕空間環(huán)境光遮蔽
屏幕空間環(huán)境光遮擋(SSAO)模擬3D對象的角落和裂縫中環(huán)境光的遮擋。如果你看你房間的角落，它會比墻的中間看起來稍微暗一點(diǎn)。這種技術(shù)大大增加了圖像的真實感，并極大地有助于對地形的感知。這種技術(shù)在ChemDoodle 3D中是可定制的。
景深
景深effect聚焦在場景的特定部分，模擬用相機(jī)鏡頭制作的圖像。您可以定義開始和結(jié)束聚焦深度，以及未聚焦模糊和放大effect的程度。
通過物理模擬與您的結(jié)構(gòu)實時交互
實時優(yōu)化
ChemDoodle 3D的分子建模程序可以實時運(yùn)行(使用輕視的人widget)，這樣你就可以在構(gòu)建分子的同時與分子進(jìn)行交互，或者輕松地在構(gòu)象之間進(jìn)行轉(zhuǎn)換。我們的建模引擎快速，讓您可以快速生成相關(guān)的三維坐標(biāo)，為您建造的結(jié)構(gòu)。
準(zhǔn)確的力場實現(xiàn)
ChemDoodle 3D包括幾個已發(fā)布力場的實現(xiàn)。
默克分子力場
Merck分子力場(MMFF94)及其靜態(tài)變體(MMFF94s)都可以在ChemDoodle 3D中準(zhǔn)確實現(xiàn)。使用這個力場生成實驗上準(zhǔn)確的幾何圖形，用于測量和計算。
范圍
大多數(shù)小分子力場是為描述單個離散分子結(jié)構(gòu)而優(yōu)化的。因此，ChemDoodle 3D將在您編輯分子結(jié)構(gòu)時分別優(yōu)化它們。但是，您可能希望同時優(yōu)化幾個離散的分子結(jié)構(gòu)以及它們之間的關(guān)系。為此，可以更改優(yōu)化范圍來優(yōu)化整個場景。
原子分型
原子分類是正確應(yīng)用力場的重要一步。你可以看到在ChemDoodle 3D中為你使用的特定力場定義了哪些原子類型。您還可以輸出atom類型用于其他應(yīng)用程序
強(qiáng)制渲染
力可以被渲染以顯示給定力場梯度計算時分子將如何變化。
算法透明性
除了向您顯示原子類型和力矢量計算，ChemDoodle 3D還會通過提供描述性錯誤和警告，讓您知道結(jié)構(gòu)何時與特定力場不兼容。使用所有這些信息作為可靠性和參考。
并行處理
并行處理允許您使用多核CPU的能力來加快計算速度。ChemDoodle 3D中的力場是專門為并行運(yùn)行而設(shè)計的。這意味著你的結(jié)構(gòu)，通常需要x秒進(jìn)行優(yōu)化，現(xiàn)在只需要幾分之一x幾秒鐘優(yōu)化。當(dāng)您想要處理大型結(jié)構(gòu)或系統(tǒng)的優(yōu)化時，請在ChemDoodle 3D中啟用并行處理。
完整文檔
分子建模新手？別擔(dān)心。我們有整整一章ChemDoodle 3D用戶指南致力于分子建模及其實現(xiàn)。你很快就會優(yōu)化結(jié)構(gòu)。
電腦上的增強(qiáng)現(xiàn)實
立體圖
立體圖像是一種立體視覺技術(shù)，用于從2D圖像向我們的眼睛顯示3D空間中的圖像。它通過在不同的顏色空間中為每只眼睛的視角渲染場景來工作。然后用特殊的眼鏡過濾掉每只眼睛的圖像，這樣一只眼睛就看不到另一只眼睛看到的東西。然后，我們的大腦將兩幅圖像拼接在一起，觀察3D空間中的場景。
五金器具
通過支持紅-青、綠-品紅和琥珀-藍(lán)立體眼鏡，可以實現(xiàn)立體圖像，可以從在線零售商那里便宜地購買。
用戶化
Dubois方法已經(jīng)實現(xiàn)了舒適的立體視覺effect，您可以控制焦距和眼睛間距參數(shù)來定制您喜歡的立體視覺effect。
導(dǎo)出您為3D打印和其他CAD應(yīng)用程序創(chuàng)建的對象
模型文件
將您的ChemDoodle 3D作品導(dǎo)出為多種流行的3D模型文件類型:
1.3D制造格式{.3mf}
2.附加制造文件格式。amf}
3.COLLADA數(shù)字資產(chǎn)交易所。dae}
4.可擴(kuò)展三維圖形{.x3d}
5.多邊形文件格式。ply}
6.立體平版印刷術(shù)。stl}
7.虛擬現(xiàn)實建模語言。wrl}
8.波前對象文件。obj}
功能和支持
ChemDoodle 3D盡可能支持每種格式，包括網(wǎng)格、法線、材質(zhì)、透明度、顏色和多色。
選擇
還實現(xiàn)了特定于格式的選項，例如STL和PLY文件的二進(jìn)制和ASCII支持，以及VRML文件的緩存和壓縮。
在3D中構(gòu)建和可視化您的分子
直觀控制
ChemDoodle 3D的構(gòu)建控件可以清晰地模擬它們管理的原子和鍵。提供豐富的視覺反饋。還有許多選項可以根據(jù)您的喜好定制構(gòu)建工具。
選擇
直觀的選擇工具允許您快速跟蹤、選擇和編輯3D對象。為了更加準(zhǔn)確，請使用選擇器小部件，用于組織場景中的所有對象，允許您準(zhǔn)確地調(diào)查和選擇內(nèi)容。
優(yōu)化區(qū)域
在構(gòu)建3D結(jié)構(gòu)時，ChemDoodle 3D會自動建議三維空間中添加原子連接的Zui佳位置。這有助于你快速構(gòu)建分子。然后你可以簡單地打開小化器來優(yōu)化物理坐標(biāo)。沒有其他程序有像ChemDoodle 3D這樣的優(yōu)化區(qū)域！
顯示標(biāo)簽
ChemDoodle 3D的圖形引擎可以漂亮地渲染文本。使用它來顯示原子標(biāo)簽。您可以控制字體、大小和顏色。
屬性
定義原子的電荷、原子團(tuán)和同位素質(zhì)量值。這些值也可以正確地讀入和寫入化學(xué)文件格式。
大大小小的3D科學(xué)圖形！
大分子傳輸格式
ChemDoodle 3D還支持RCSB大分子傳輸格式，以令人難以置信的速度輸入帶有完整債券順序信息的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫文件。
核酸階梯模型
產(chǎn)生準(zhǔn)確的核酸階梯模型。這些模型可以著色，并通過樣式控制。例如，您可以變更骨架厚度或平臺高度。
插值算法
ChemDoodle 3D可以使用B樣條算法或Catmull-Rom算法來生成模型。Catmull-Rom樣條曲線創(chuàng)建更準(zhǔn)確的模型，但是B樣條曲線算法產(chǎn)生更平滑和更美觀的結(jié)果。
無限重復(fù)化學(xué)
結(jié)晶學(xué)信息格式
ChemDoodle 3D從CIF文件中讀取周期性數(shù)據(jù)，可以解析點(diǎn)群和對稱性。提取對稱幾何形狀的晶胞。
單位細(xì)胞和外推超細(xì)胞
渲染單位單元，并可以生成超單元。使用正交投影獲得好的視圖。
nanotubes
構(gòu)建扶手椅型、之字形和手性 nanotubes，有多種選擇。 nanotubes的周期性系統(tǒng)是自動產(chǎn)生的。這是為其他應(yīng)用輸出 nanotubes幾何形狀的好方法。
操作系統(tǒng)：支持Windows、macOS和Linux
系統(tǒng)要求：
Windows Vista/7/8/10/11+，macOS 10.11+ (El Capitan、Sierra、High Sierra、Mojave、Catalina、Big Sur、Monterey、Ventura或更新版本)，或Linux。
需要64位(x86_64或Apple Silicon)處理器。
ChemDoodle 3D需要OpenGL v2.1驅(qū)動程序。
不低于1GB的內(nèi)存。
【英文介紹】
iChemLabs is committed to producing high-quality, affordable and sustainable tools for chemists. Create chemical informatics and chemical graphics software. Products include ChemDoodle 3D, ChemDoodle 2D, ChemDoodle Web components and several other chemical working tools. Products are used by thousands of organizations worldwide, and our work powers some of the most important tools and companies in the industry.
A new perspective on chemistry
Beautiful Scientific Models
We spend a very long time scrutinizing the models generated in ChemDoodle 3D. Take a close look at the renderings as you are rotating them to watch bonds orient towards the camera; every object mesh in the scene is built to merge with the others;
Completly Customizable
All of the rendering in ChemDoodle 3D is controlled by styles defined by you. The styles can apply to the entire scene, selected content or individual objects.
Advanced Text System
ChemDoodle 3D’s advanced 3D graphics engine can render text beautifully. Use this to show atom labels and more. You have full control over font, size and color.
Custom Element Color Sets
In addition to the predefined Jmol, Rasmol, PyMOL and CDK color sets, you can also manually define your own elemntal color set to apply to molecule rendering.
Projections
Both orthographic and perspective projections are available and can be switched instantly.
Transparency
Transparency effects are just that, they let you see through objects in the scene. ChemDoodle 3D allows you to render transparent objects with or without back faces.
Surfaces
ChemDoodle 3D can generate a number of surface types and color functions for any number of atoms. Visualize the space of your structures in ways other editors cannot.You can customize mesh algorithms, display types, normals, colors and more.Different types of surfaces are available, including van der Waals (VDW), solvent accessible surfaces (SAS) and solvent excluded surfaces (SES, Connolly).Color your surfaces through various functions to provide a physical perspective on the structure. Functions include by atom color, charges (Gasteiger, QEq, QTPIE), lipophilicity (AlogP98) and molar refractivity (AMR98).
Orbitals
View atomic orbital models based on quantum numbers with the Orbitals widget. Many options are available for customizing the graphics, which can then be output to an image. A great way to view the different orbital shapes.
Gamma Correction
Gamma correction alters the brightness model of the graphics to compensate for the non-linear brightness physics of your monitor. ChemDoodle 3D defaults to a standard value of 2.2, but you can change this as appropriate for your screen.
