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CodonCode Aligner是一個易于使用的程序，用于Windows和Mac OS X的序列組裝、重疊群編輯和突出檢測。支持使用Phred進行堿基調用、末端剪切、向量修剪、按名稱組裝、與參考序列比對、比對重疊群、雜合子插入和刪除分析等等。
使用CodonCode Aligner進行序列組裝
CodonCode Aligner是一個易于使用的程序，用于序列組裝、重疊群編輯和突變檢測。功能包括：
多序列組裝和序列比對算法
手動和自動序列編輯
將重疊群彼此對齊，只需雙擊即可返回底層跟蹤數據
參考序列和差異表
敏感突變檢測
雜合插入缺失分析的高等方法
自動化工具：按名稱和腳本組裝
限制性克隆、RFLP分析、引物設計
Aligner與Phred-Phrap兼容并支持序列質量評分、同時提供熟悉且易于學習的用戶界面。如以下屏幕截圖所示：
使用CodonCode Aligner，您可以：
從文本文件導入序列
從ABI、SCF和FASTQ文件導入序列
結束剪輯
矢量修剪
組裝重疊群
與參考序列比對
將重疊群彼此對齊，同時保持與痕跡的鏈接
根據樣本名稱組裝或分組對齊
尋找雜合突變
分析雜合子插入和刪除
引物設計
在用戶定義的特征之間快速導航
生成系統(tǒng)發(fā)育樹和限制圖
直接從Aligner項目運行Phred和Phrap
導出序列和特征
查看差異表和蛋白質翻譯
尋找用于RFLP分析的酶并創(chuàng)建虛擬凝膠
分析甲基化序列并查看原始跟蹤數據
計劃和可視化限制性克隆步驟
分離等位基因
定義感興趣的區(qū)域（“特征”），例如低質量共識區(qū)域 組
裝細菌基因組和小型NGS測序項目
CodonCode Aligner讓您可以充分利用現代算法進行堿基調用和序列組裝，而無需強迫您學習復雜的命令行選項或Perl編程。
【英文介紹】
CodonCode Aligner - DNA Sequence Assembly and Alignment on Windows and Mac OS X
Our easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection for Windows and Mac OS X. Supports base calling with Phred, end clipping, vector trimming, assemble by name, alignment to reference sequences, aligning contigs, analysis of heterozygous insertions and deletions, and much more.
CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X. Aligner is compatible with Phred-Phrap and fully supports sequence quality scores, while offering a familiar, easy-to-learn user interface.
Sequence Assembly with CodonCode Aligner
CodonCode Aligner is an easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection. Features include:
Multiple sequence assembly and sequence alignment algorithms
Manual and automated sequence editing
Align contigs to each other and get back to the underlying trace data with a simple double-click
Reference sequences and difference tables
Sensitive mutation detection
Advanced methods for heterozygous indel analysis
Automation tools: assemble by name & scripting
Restriction cloning, RFLP analysis, Primer design
