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CodonCode Aligner是一個(gè)易于使用的程序，用于Windows和Mac OS X的序列組裝、重疊群編輯和突出檢測(cè)。支持使用Phred進(jìn)行堿基調(diào)用、末端剪切、向量修剪、按名稱組裝、與參考序列比對(duì)、比對(duì)重疊群、雜合子插入和刪除分析等等。
使用CodonCode Aligner進(jìn)行序列組裝
CodonCode Aligner是一個(gè)易于使用的程序，用于序列組裝、重疊群編輯和突變檢測(cè)。功能包括：
多序列組裝和序列比對(duì)算法
手動(dòng)和自動(dòng)序列編輯
將重疊群彼此對(duì)齊，只需雙擊即可返回底層跟蹤數(shù)據(jù)
參考序列和差異表
敏感突變檢測(cè)
雜合插入缺失分析的高等方法
自動(dòng)化工具：按名稱和腳本組裝
限制性克隆、RFLP分析、引物設(shè)計(jì)
Aligner與Phred-Phrap兼容并支持序列質(zhì)量評(píng)分、同時(shí)提供熟悉且易于學(xué)習(xí)的用戶界面。如以下屏幕截圖所示：
使用CodonCode Aligner，您可以：
從文本文件導(dǎo)入序列
從ABI、SCF和FASTQ文件導(dǎo)入序列
結(jié)束剪輯
矢量修剪
組裝重疊群
與參考序列比對(duì)
將重疊群彼此對(duì)齊，同時(shí)保持與痕跡的鏈接
根據(jù)樣本名稱組裝或分組對(duì)齊
尋找雜合突變
分析雜合子插入和刪除
引物設(shè)計(jì)
在用戶定義的特征之間快速導(dǎo)航
生成系統(tǒng)發(fā)育樹和限制圖
直接從Aligner項(xiàng)目運(yùn)行Phred和Phrap
導(dǎo)出序列和特征
查看差異表和蛋白質(zhì)翻譯
尋找用于RFLP分析的酶并創(chuàng)建虛擬凝膠
分析甲基化序列并查看原始跟蹤數(shù)據(jù)
計(jì)劃和可視化限制性克隆步驟
分離等位基因
定義感興趣的區(qū)域（“特征”），例如低質(zhì)量共識(shí)區(qū)域 組
裝細(xì)菌基因組和小型NGS測(cè)序項(xiàng)目
CodonCode Aligner讓您可以充分利用現(xiàn)代算法進(jìn)行堿基調(diào)用和序列組裝，而無需強(qiáng)迫您學(xué)習(xí)復(fù)雜的命令行選項(xiàng)或Perl編程。
【英文介紹】
CodonCode Aligner - DNA Sequence Assembly and Alignment on Windows and Mac OS X
Our easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection for Windows and Mac OS X. Supports base calling with Phred, end clipping, vector trimming, assemble by name, alignment to reference sequences, aligning contigs, analysis of heterozygous insertions and deletions, and much more.
CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X. Aligner is compatible with Phred-Phrap and fully supports sequence quality scores, while offering a familiar, easy-to-learn user interface.
Sequence Assembly with CodonCode Aligner
CodonCode Aligner is an easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection. Features include:
Multiple sequence assembly and sequence alignment algorithms
Manual and automated sequence editing
Align contigs to each other and get back to the underlying trace data with a simple double-click
Reference sequences and difference tables
Sensitive mutation detection
Advanced methods for heterozygous indel analysis
Automation tools: assemble by name & scripting
Restriction cloning, RFLP analysis, Primer design
