<

• 

>

產(chǎn)品報價： ￥10000元

留言咨詢

產(chǎn)品熱度：加載中

品　　牌：Beacon Designer

產(chǎn)品型號：PCR引物和探針設(shè)計軟件

適用范圍：高教 職教

所在地區(qū)：

溫馨提示：需求數(shù)量不同，價格不同。請聯(lián)系我們，確認(rèn)當(dāng)前新的報價！

Beacon Designer是一個qPCR工具，用于為SYBR Green、TaqMan、HRMA、LNA spiked TaqMan、MethyLight TaqMan、molecular beacons、Scorpions和FRET分析設(shè)計和特異性寡核苷酸。

為全部主要qPCR檢測設(shè)計特異性和的寡核苷酸

通過自動解釋BLAST結(jié)果和避免模板結(jié)構(gòu)，設(shè)計成功的SYBR Green、TaqMan 、HRMA Primes、MethyLight TaqMan、LNA spiked TaqMan、用于標(biāo)準(zhǔn)和NASBA分析、Scorpions和FRET分析的分子信標(biāo)。

自動化您的實時PCR引物和探針設(shè)計

Beacon Designer自動設(shè)計實時引物和探針。分子生物學(xué)家都使用它來設(shè)計成功的實時PCR分析。它節(jié)省了失敗實驗所涉及的時間和金錢。Beacon Designer是一種靈活的解決方案，可滿足您的實時引物和探針設(shè)計需求，并且可以多次收回成本。

特定且的設(shè)計：Beacon Designer如何實現(xiàn)？

您可以從程序中BLAST搜索序列并搜索模板結(jié)構(gòu)。在設(shè)計引物和探針時使用這兩種搜索的結(jié)果。在設(shè)計過程中會自動避開表現(xiàn)出顯著交叉同源性和模板結(jié)構(gòu)的區(qū)域。

可用的設(shè)計選項

SYBR Green檢測設(shè)計

SYBR Green可能是常用的實時PCR試劑。Beacon Designer設(shè)計SYBR Green PCR引物并幫助您評估預(yù)先設(shè)計的SYBR Green PCR引物組。您可以控制設(shè)計參數(shù)，也可以使用經(jīng)過大量研究和與專家溝通后選擇的默認(rèn)值。您甚至可以為您的特定研究需求選擇自己的默認(rèn)設(shè)計參數(shù)。

除了將引物定位在感興趣基因的任意位置之外，Beacon Designer還可以設(shè)計primers across exon-exon or exon-intron junctions的引物。這些across exon intron junctions設(shè)計的引物有助于從gDNA中選擇性擴增cDNA。

HRMA檢測設(shè)計

Beacon Designer為突變檢測提供解決方案。高分辨率熔解分析 (HRMA) 是一種比基于探針的基因分型分析更具成本效益的方法。該程序采用專有算法，可以設(shè)計用于檢測突變的理想引物。

高分辨率熔解分析引物設(shè)計在感興趣的突變兩側(cè)，以產(chǎn)生具有可檢測熔解溫度變化的短擴增子。引物設(shè)計避免模板二級結(jié)構(gòu)，確保有效的引物延伸。設(shè)計的HRMA引物可以在NCBI的核苷酸數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行BLAST搜索，以檢查它們的特異性。也可以分析預(yù)先設(shè)計或發(fā)布的引物。

Dual Labeled Probe設(shè)計

Beacon Designer目前支持四種基于探針的化學(xué)物質(zhì)：

• TaqMan Probes

使用Beacon Designer獲得理想TaqMan probes，幫助您使用TaqMan SNP基因分型分析研究差異基因表達(dá)或研究SNP（單核苷酸多態(tài)性）。您還可以選擇設(shè)計Locked Nucleic Acid (LNA) 替代TaqMan probes，它比標(biāo)準(zhǔn)TaqMan probes更穩(wěn)定。為了研究DNA甲基化，Beacon Designer幫助設(shè)計用于MethyLight檢測的引物和TaqMan probes。MethyLight是一種用于區(qū)分甲基化和非甲基化DNA的高通量檢測方法。使用Beacon Designer，您可以通過為甲基化和非甲基化鏈以及未處理的DNA序列設(shè)計寡核苷酸來設(shè)計合適的對照引物和探針。使用這些化學(xué)試劑中的任意一種，您都可以評估預(yù)先設(shè)計/已發(fā)布的引物或TaqMan probes。設(shè)計結(jié)果按排名順序報告，為您提供可供選擇的備選方案列表。根據(jù)寡核苷酸的性質(zhì)，指定等級。

• Molecular Beacons

設(shè)計或評估用于NASBA檢測的標(biāo)準(zhǔn)分子信標(biāo)或分子信標(biāo)。NASBA是一種依賴引物的技術(shù)，可用于在一個溫度下對單一混合物中的核酸進(jìn)行連續(xù)擴增。你現(xiàn)在可以設(shè)計用于NASBA檢測的分子信標(biāo)，用于單一模板或多重反應(yīng)。

• Scorpions

Beacon Designer支持Scorpions引物和探針的設(shè)計。Scorpions分析很關(guān)鍵，因為它們獨立于探針的酶切割。引物和探針元件在反應(yīng)過程中物理耦合。

• FRET Probes

Beacon Designer支持預(yù)先設(shè)計的FRET probes的設(shè)計和評估。可以在Beacon Designer中設(shè)計與預(yù)先設(shè)計的SYBR Green引物兼容的FRET probes。

多重實時PCR檢測

使用Beacon Designer，您可以設(shè)計基于TaqMan的多重實時PCR分析，用于多達(dá)五個序列，包括參考基因選擇。

Beacon Designer特征：

SYBR Green Primer Design

• 為SYBR Green PCR分析設(shè)計優(yōu)化的引物。

• Beacon Designer通過BLAST搜索序列設(shè)計高度特異性的SYBR Green引物，自動解釋結(jié)果，然后通過避免顯著同源區(qū)域設(shè)計SYBR Green引物。

• 設(shè)計的SYBR Green引物可針對NCBI提供的基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行BLAST搜索。這有助于驗證SYBR Green引物設(shè)計并可視化引物和擴增子的特異性。

• Beacon Designer識別模板結(jié)構(gòu)，然后在設(shè)計SYBR Green引物時自動避開它們。

• 在“序列視圖”窗格中以圖形方式顯示序列的同源區(qū)域和二級結(jié)構(gòu)。此功能有助于可視化設(shè)計的寡核苷酸相對于兩個區(qū)域的位置。

• 評估預(yù)先設(shè)計的引物并為給定的有義或反義引物設(shè)計兼容的引物。然后，它繼續(xù)設(shè)計理想的雙標(biāo)記探針，以與經(jīng)過充分驗證的 SYBR Green引物一起使用。

• 對于SNP基因分型研究，設(shè)計SYBR Green引物，使SNP位點位于或靠近3'末端位置。

• 使用nearest neighbor熱力學(xué)算法計算SYBR Green Primer Tm。以排序的順序呈現(xiàn)設(shè)計結(jié)果。

• 篩選SYBR Green primers的熱力學(xué)特性和二級結(jié)構(gòu)。

• 避免與全部其他引物同源，以減少多重反應(yīng)中的引物二聚體。

　　TaqMan Probe設(shè)計

• 設(shè)計不含二聚體、重復(fù)和運行的理想TaqMan probes，以確保信號保真度。

• 設(shè)計用于SNP基因分型分析的SNP鑒定的野生和突變TaqMan probes可以評估預(yù)先設(shè)計的引物組并設(shè)計兼容的TaqMan probes。

• 同樣，可以評估預(yù)先設(shè)計的TaqMan probes并設(shè)計兼容的引物。您甚至可以導(dǎo)入在SYBR Green引物設(shè)計模式中設(shè)計的引物并設(shè)計兼容的探針。

• 顯示TaqMan probes二級結(jié)構(gòu)的圖形視圖。

• Beacon Designer可以設(shè)計LNA probes。LNA取代的TaqMan probes是較短的probes，并具有賦予更高穩(wěn)定性的LNA堿基。您可以指定您想要probes中包含的LNA堿基數(shù)量。您還可以在probes的每一端指定它們的位置和LNA自由區(qū)域，以設(shè)計LNA spiked TaqMan probes。

　　多重實時PCR分析設(shè)計

• Beacon Designer使用專有算法為單管多重檢測設(shè)計理想引物probe sets。

• TaqMan設(shè)計模式支持多重檢測。您至多可以復(fù)用五個序列。

• 支持標(biāo)準(zhǔn)化的參考基因或管家基因。

　　HRMA Primer設(shè)計

• 設(shè)計突變側(cè)翼HRMA引物，使它們產(chǎn)生盡可能短的擴增子，用于突變檢測。

• 該程序識別模板結(jié)構(gòu)，然后在設(shè)計HRMA引物時自動避開它們，從而提高PCR效率。

• Beacon Designer檢查設(shè)計引物的Tm、GC%和其他參數(shù)。只報告滿足高分辨率熔解分析全部參數(shù)的引物。

• Beacon Designer顯示野生和突變擴增子的序列特性以及它們的解鏈溫度。

• 有助于驗證引物BLAST設(shè)計的引物的特異性。

• 評估預(yù)先設(shè)計的經(jīng)過驗證的引物，并為給定的有義或反義HRMA引物設(shè)計兼容的引物。

　　MethyLight TaqMan設(shè)計

• Beacon Designer根據(jù)Gardiner-Garden和Frommer指南預(yù)測CpG islands。您還可以在序列中手動指定CpG區(qū)域。CpG islands在序列視圖選項卡中以綠色顯示，富含GC的區(qū)域以紅色顯示。

• Beacon Designer為指定的CpG islands設(shè)計TaqMan probes和甲基敏感PCR引物。您還可以為未甲基化和未處理的DNA序列設(shè)計合適的對照引物和探針，用于MethyLight檢測。

• Beacon Designer設(shè)計的引物和TaqMan probes具有高度特異性，因為它們的設(shè)計避免了通過自動解釋BLAST搜索結(jié)果識別的顯著交叉同源區(qū)域?？梢愿鶕?jù)同一性或e值或兩者過濾要避免的同源區(qū)域，e值的默認(rèn)值為0，同一性的默認(rèn)值為100。

• MethyLight分析包括亞硫酸氫鈉處理基因組DNA，然后進(jìn)行堿處理。當(dāng)提供基因序列時，Beacon Designer會顯示相應(yīng)的亞硫酸氫鹽處理鏈。

　　Molecular Beacon設(shè)計

• 自動選擇適當(dāng)長度的桿以獲得理想信標(biāo)Tm。

• 設(shè)計沒有二聚體、重復(fù)和運行的信標(biāo)，以提高信號強度。

• 檢查分子信標(biāo)與全部引物的交叉同源性，防止多重反應(yīng)中的競爭。

• 設(shè)計用于檢測野生和突變等位基因的分子信標(biāo)。

• 可以評估預(yù)先設(shè)計的引物組或構(gòu)建用于預(yù)先設(shè)計的分子探針的引物。類似地，可以評估預(yù)先設(shè)計的信標(biāo)或可以為預(yù)先設(shè)計的引物組設(shè)計信標(biāo)。這有助于使用SYBR Green引物進(jìn)行信標(biāo)檢測。

• 以圖形方式顯示設(shè)計的信標(biāo)及其屬性。

　　NASBA分析設(shè)計

• Beacon Designer可以為NASBA分析設(shè)計分子信標(biāo)，用于單模板、多重或SNP基因分型分析。

• Beacon Designer評估用于NASBA檢測的預(yù)先設(shè)計的引物和探針。在評估引物時，Beacon Designer會在必要時自動將purine tag添加到P1引物序列中。

　　FRET Probe設(shè)計

• Optimal FRET Probe：設(shè)計不含二聚體、重復(fù)和運行的Optimal FRET Probe，以確保信號保真度。

• 等位基因鑒定：設(shè)計用于檢測野生和突變等位基因的FRET probes。

• 評估預(yù)先設(shè)計的FRET檢測：可以評估預(yù)先設(shè)計的引物組或構(gòu)建預(yù)先設(shè)計的探針的引物。您甚至可以導(dǎo)入在SYBR Green引物設(shè)計模式中設(shè)計的引物。

• 圖形視圖：以圖形方式顯示設(shè)計的FRET probes及其屬性。

　　Scorpions設(shè)計

• Beacon Designer支持Scorpions化學(xué)，用于實時檢測目標(biāo)序列。

• Beacon Designer設(shè)計的Scorpions引物不含二聚體、運行、重復(fù)，并具有用戶指定的熔解溫度范圍。

• Beacon Designer會自動選擇合適長度的桿以獲得optimal Scorpions Tm。

• 您可以通過避免目標(biāo)序列與基因組具有顯著的交叉同源性以及避免模板上易折疊的區(qū)域來設(shè)計特定的Scorpions引物。

• Beacon Designer以圖形方式顯示Scorpions的替代結(jié)構(gòu)及其屬性。

• 使用Beacon Designer，您還可以評估預(yù)先設(shè)計的Scorpions檢測。

　　避免交叉同源性——針對特定的寡核苷酸設(shè)計

• Beacon Designer解釋BLAST搜索結(jié)果并避開與數(shù)據(jù)庫序列具有顯著同源性的區(qū)域。

• 在“序列視圖”窗格中以圖形方式顯示序列的同源區(qū)域，以幫助可視化引物和探針相對于它們的位置。

• 寡核苷酸與靶標(biāo)以外的序列區(qū)域結(jié)合會導(dǎo)致錯誤啟動和假陽性信號。

• 建議您在執(zhí)行引物-探針?biāo)阉髦斑\行BLAST搜索以提高其效率。

• 您可以選擇要進(jìn)行BLAST搜索的基因組類別、匹配的E值（默認(rèn)設(shè)置為10）、是否要對查詢序列應(yīng)用過濾器（以屏蔽重復(fù)和低復(fù)雜度區(qū)域）以及輸出報告的格式。

• 在設(shè)計寡核苷酸時要避免的同源區(qū)域可以根據(jù)報告的命中的身份或e值或兩者來選擇。

• 您可以針對基因組對引物/探針或擴增子進(jìn)行BLAST搜索，以驗證設(shè)計的特異性。

• 對于處理機密數(shù)據(jù)或沒有快速互聯(lián)網(wǎng)連接的研究人員，Beacon Designer可以解釋來自本地數(shù)據(jù)庫的BLAST結(jié)果。

• 您可以使用NCBI的WWW Standalone BLAST工具在裝有Unix/Mac OS X的服務(wù)器上安裝本地自定義數(shù)據(jù)庫。

• 您還可以在自己的機器上設(shè)置本地序列/基因組數(shù)據(jù)庫。此選項顯示為“Desktop BLAST”。Desktop BLAST易于配置和使用。

　　避免模板結(jié)構(gòu)—提高引物效率

• 由于在延伸溫度下存在模板結(jié)構(gòu)，引物延伸可能會受到阻礙。

• 為了避免模板可能自行折疊的全部此類區(qū)域，Beacon Designer會進(jìn)行模板結(jié)構(gòu)搜索。

• 您還可以指定要折疊模板的溫度。

• 結(jié)果會被自動解釋，并且在設(shè)計引物時會避開這些區(qū)域。

• 模板結(jié)構(gòu)以圖形方式顯示在“序列視圖”窗格中，以幫助進(jìn)行視覺檢查。涉及的堿基用橙色下劃線。

　　寡核苷酸評級

• Beacon Designer根據(jù)其設(shè)計的全部引物和探針與為引物和探針?biāo)阉髦付ǖ哪繕?biāo)值的匹配程度來評估它們。

• 您可以為每個參數(shù)指定一個容差范圍。Beacon Designer不報告超出此標(biāo)準(zhǔn)的寡核苷酸。

• 當(dāng)Beacon Designer找到全部參數(shù)都符合指定值的寡核苷酸時，它的評分為100。如果全部參數(shù)都在其公差范圍內(nèi)，則寡核苷酸等級為0。

• 評級是一個質(zhì)量指標(biāo)，在其應(yīng)用中是主觀的。然而，這并不意味著評級較高的寡核苷酸總是優(yōu)于評級較低的寡核苷酸，或者永遠(yuǎn)不應(yīng)選擇評級較差的寡核苷酸。

　　系統(tǒng)要求：

Windows支持的平臺：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10