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SimMet是一款高通量信息學(xué)軟件，用于對(duì)MS代謝物數(shù)據(jù)進(jìn)行定性和定量分析。它使您能夠以批處理模式使用MS和MS/MA數(shù)據(jù)運(yùn)行代謝物鑒定研究。
SimMet處理LC-MS數(shù)據(jù)以進(jìn)行峰檢測(cè)、峰拾取和保留時(shí)間校準(zhǔn)。它使用戶能夠在批處理模式下使用MS和MS/MS數(shù)據(jù)識(shí)別代謝物。除了對(duì)已鑒定的代謝物進(jìn)行定量數(shù)據(jù)分析外，它還有助于對(duì)生物樣品中的代謝物進(jìn)行差異分析。
強(qiáng)的關(guān)系代謝物數(shù)據(jù)庫
SimMet數(shù)據(jù)庫包括來自人類、大腸桿菌等各種生物來源的68,459種代謝物。并支持來自NIST MS/MS數(shù)據(jù)庫的9390種代謝物的2,34,284個(gè)MS/MS譜圖和354個(gè)加合物。其他生物信息，如代謝物通用名稱、系統(tǒng)名稱、質(zhì)量、組成和與其他數(shù)據(jù)庫的鏈接，也可供參考。
SimMet通過觀察到的MS/MS譜圖與代謝物的標(biāo)準(zhǔn)MS/MS譜圖進(jìn)行匹配，提供代謝物的準(zhǔn)確鑒定。
支持多種文件格式
SimMet接受標(biāo)準(zhǔn)文件格式的實(shí)驗(yàn)質(zhì)譜數(shù)據(jù)，例如.txt、.xls、.mzData和.mzXML。它可以讀取Thermo Scientific（*raw）和SCIEX（*.wiff）以及Bruker Corporation的（.baf、.yep和.fid）原生數(shù)據(jù)文件。該程序能夠從色譜運(yùn)行（即多達(dá)200,000次掃描）中導(dǎo)入數(shù)據(jù)。
為您的全部分析提供單一平臺(tái)
SimMet的綜合平臺(tái)無需管理和使用多種代謝物研究工具。全部代謝物數(shù)據(jù)分析，從LC-MS數(shù)據(jù)處理和隨后的峰識(shí)別到統(tǒng)計(jì)分析（如主成分分析（都可在單個(gè)工作區(qū)中進(jìn)行。支持加載和得分圖以及置信橢圓（相關(guān)加載和Hotelling的T2橢圓），以幫助研究人員了解代謝物和樣品之間的關(guān)系。還提供了代謝物響應(yīng)曲線以顯示不同樣品中代謝物豐度的變化。
輕松管理大數(shù)據(jù)
SimMet旨在有效處理大量數(shù)據(jù)，這是基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)工作流程的典型特征。用戶可以在單個(gè)項(xiàng)目中加載50萬次掃描，以及一次導(dǎo)出50,000次掃描的分析結(jié)果。支持全部標(biāo)準(zhǔn)供應(yīng)商格式，以集成定性和定量工作流程解決方案。
SimMet特點(diǎn)：
LC-MS和MS/MS數(shù)據(jù)處理
SimMet支持LC-MS數(shù)據(jù)處理技術(shù)，例如峰檢測(cè)、拾取和識(shí)別。數(shù)據(jù)以批處理模式自動(dòng)處理，以生成指定保留時(shí)間范圍內(nèi)檢測(cè)到的代謝物表。該工具自動(dòng)將全部m/z值、豐度、同位素水平、電荷狀態(tài)和MS/MS數(shù)據(jù)制成表格。SimMet自動(dòng)將檢測(cè)到的化合物與相應(yīng)的MS/MS譜圖對(duì)齊，以便基于準(zhǔn)確質(zhì)量搜索以及前體、產(chǎn)物離子和譜圖匹配進(jìn)行準(zhǔn)確的代謝物鑒定。
SimMet通過餅圖、條形圖提供代謝物分布的直觀圖解釋，并使用頻率表對(duì)樣品間的代謝物分布進(jìn)行比較分析。
此外，SimMet根據(jù)保留時(shí)間、電荷狀態(tài)、概率、分?jǐn)?shù)和模式分?jǐn)?shù)對(duì)生物樣品中的代謝物進(jìn)程比對(duì)，以方便對(duì)分散在不同掃描或配置文件中的數(shù)據(jù)進(jìn)行調(diào)查。該程序顯示MS和MS/MS水平的TIC（總離子色譜圖）、XIC（提取離子色譜圖）和BPC（基峰色譜圖）。色譜圖可以放大、以便調(diào)查和突出緊要的峰。可以導(dǎo)出繪圖以在實(shí)驗(yàn)室中共享結(jié)果。
高通量MS和MS/MS數(shù)據(jù)分析
SimMet通過將觀察到的代謝物前體離子和產(chǎn)物離子與SimMet數(shù)據(jù)庫中可用的已知代謝物光譜/結(jié)構(gòu)/片段進(jìn)行匹配，從而實(shí)現(xiàn)代謝物鑒定。SimMet提供直觀的用戶界面，除了在同一工作空間中顯示已識(shí)別的2D結(jié)構(gòu)、碎片離子、注釋的MS或MS/MS光譜以及已識(shí)別代謝物的其他信息外，還可以輕松執(zhí)行此類分析。
SimMet在一次搜索運(yùn)行中分析10,000次掃描的MS/MS數(shù)據(jù)?？梢苑治鼍哂邪偃f分之1-50（ppm）和0.1到2000 millidaltons（mDa）之間誤差容限的高分辨率準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)據(jù)。使用化合物鑒定和光譜模式匹配算法對(duì)結(jié)果進(jìn)行排序，該算法將理論代謝物與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的接近程度映射到一起。
生物樣品的差異代謝組學(xué)
SimMet中代謝物的主成分分析（PCA）提供了生物樣品和代謝物之間關(guān)系的可視化表示。研究人員可以輕松分析各種生物樣本之間的異同。主成分分析（PCA）生成兩個(gè)二維圖，即分?jǐn)?shù)圖和負(fù)荷圖。為了查明可能的生物標(biāo)志物，二維圖支持置信橢圓，例如相關(guān)載荷和Hotelling的T2橢圓。
定量代謝組學(xué)
SimMet使用由稀釋系列和內(nèi)標(biāo)構(gòu)建的校準(zhǔn)曲線對(duì)樣品中存在的代謝物進(jìn)行定量數(shù)據(jù)分析。SimMet使用回歸擬合線圖方法預(yù)測(cè)樣品中分析物的量。
已鑒定代謝物的質(zhì)譜注釋
SimMet可以使用從MS和MS/MS數(shù)據(jù)中鑒定的代謝物對(duì)質(zhì)譜進(jìn)行注釋。鏡像圖也可用于顯示已識(shí)別代謝物的觀察與標(biāo)準(zhǔn)光譜。這有助于通過突出顯示與產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫中的理論代謝物結(jié)構(gòu)相匹配的實(shí)驗(yàn)m/z值來解釋質(zhì)譜。每個(gè)匹配的峰都可以用代謝物片段進(jìn)行注釋。帶注釋的光譜可以作為圖像（JPEG或.PNG）導(dǎo)出到MS PowerPoint，以促進(jìn)研究小組之間的信息共享。注釋的質(zhì)譜可以重新調(diào)整以適合頁面?；蛘撸脩艨梢酝ㄟ^指定m/z范圍或通過選擇圖上的范圍并導(dǎo)出結(jié)果來放大或縮小圖。
系統(tǒng)要求：
| 對(duì)于Windows | 需要 | 推薦 |
| CPU | Core i3 | 更高 |
| 內(nèi)存 | 8GB可用RAM | 更高 |
| 硬盤空間 | 100GB可用硬盤 | 更高 |
| 屏幕分辨率 | 1024×786 | >1024×768 |
Windows支持的平臺(tái)：Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10
