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產(chǎn)品報(bào)價(jià)： ￥10000元

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產(chǎn)品熱度：加載中

品　　牌：SimGlycan

產(chǎn)品型號(hào)：聚糖和糖肽MS/MS數(shù)據(jù)分析工具

適用范圍：高教 職教

所在地區(qū)：

溫馨提示：需求數(shù)量不同，價(jià)格不同。請(qǐng)聯(lián)系我們，確認(rèn)當(dāng)前新的報(bào)價(jià)！

SimGlycan是一款MSⁿ數(shù)據(jù)分析軟件。它預(yù)測(cè)聚糖結(jié)構(gòu)，對(duì)其進(jìn)行評(píng)分并生成與給定MS譜密切匹配的可能聚糖列表。支持糖肽和釋放的聚糖譜。

SimGlycan根據(jù)MS/MS和多級(jí)質(zhì)譜 (MSⁿ) 數(shù)據(jù)預(yù)測(cè)聚糖的結(jié)構(gòu)。此外，使用LC-MS/MS糖肽數(shù)據(jù)分析糖肽的支持有助于糖基化研究。SimGlycan接受實(shí)驗(yàn)性MS/MS數(shù)據(jù)，將它們與自己的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行匹配，結(jié)果生成排序的候選結(jié)構(gòu)列表。每個(gè)候選者的等級(jí)表示候選結(jié)構(gòu)和實(shí)驗(yàn)聚糖之間的接近度。排名是根據(jù)穩(wěn)健的評(píng)分機(jī)制計(jì)算的，該機(jī)制考慮了在實(shí)驗(yàn)MS/MS光譜中觀察到的結(jié)構(gòu)特異性診斷離子以及觀察到的峰的強(qiáng)度。

SimGlycan還支持異構(gòu)體分化的多級(jí)質(zhì)譜 (MSⁿ) 數(shù)據(jù)分析。

SimGlycan特點(diǎn)：

強(qiáng)的聚糖和糖肽數(shù)據(jù)庫(kù)

SimGlycan數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)大型關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)，包含9,964種聚糖、22,814種糖蛋白*、6,826種已知生物來源的聚糖和5,874種已知類別的聚糖。隨著更多聚糖信息的發(fā)布，該數(shù)據(jù)庫(kù)會(huì)不斷更新。

支持MALDI MS/MS和LC-MS/MS工作流程

支持H、Li、Na、Mg²⁺、K、HCOO^-和NH4⁺等不同的加合物以及Na+H、Li+H等加合物組合，以及基于不同的可擴(kuò)展 MS/MS碎片模式儀器設(shè)置，SimGlycan可以分析糖肽和釋放聚糖的MALDI和LC-MS/MS數(shù)據(jù)，這些聚糖是未衍生化、全甲基化和還原端修飾的，而不會(huì)影響分析結(jié)果。

數(shù)據(jù)輸入文件格式

SimGlycan可以直接自動(dòng)加載由SCIEX（TripleTOF^TM5600系統(tǒng)、TOF/TOF 5800、4800 Plus MALDI TOF/TOF^TM分析儀、4000 QTRAP^?和QSTAR^?Elite系統(tǒng)）的質(zhì)譜儀產(chǎn)生的輸入數(shù)據(jù)文件。Agilent Technologies（Agilent 6200系列TOF LC/MS和Agilent 6500系列Q-TOF LC/MS系統(tǒng)），Bruker Corporation（ultrafleXtreme^TM MALDI TOF/TOF, ultraflex^TM MALDI TOF/TOF, autoflex^TMTOF和TOF/TOF, maXis^TM UHR-TOF, micrOTOF^TM, micrOTOF-Q^TM, solariX^TM Qq-FTMS和amaZon^TM離子阱系列），Thermo Scientific^TM（LTQ FT Ultra、LTQ Velos、LTQ XL、LTQ Orbitrap Discovery、LTQ Orbitrap Velos、LTQ Orbitrap XL、MALDI LTQ Orbitrap、Orbitrap Elite, Q Exactive和Thermo Scientific^TMOrbitrap^TMFusion^TMTribrid質(zhì)譜儀和Thermo Scientific^TMQ Exactive^TM混合四極桿-Orbitrap質(zhì)譜儀）和Waters公司（SYNAPT G2 HDMS、SYNAPT G2 MS、Xevo G2 QTof、Xevo QTof MS、Xevo TQ MS和Xevo TQ-S平臺(tái)）。使用mzData和mzXML格式支持其他質(zhì)譜儀。此外，SimGlycan也接受手動(dòng)輸入、TXT和XLS文件格式。不管你的儀器是什么的，都可以用第三方工具將輸出結(jié)果轉(zhuǎn)換為這些格式。

TMT定量*

SimGlycan現(xiàn)在支持基于質(zhì)譜的定量糖學(xué)工作流程，使用aminoxyTandem Mass Tags (TMT)。aminoxyTMT6試劑能夠有效的對(duì)聚糖進(jìn)行相對(duì)定量，提高標(biāo)記聚糖的電離效率，從而提高分析通量。通過測(cè)量來自相應(yīng)MS/MS光譜的報(bào)告離子峰強(qiáng)度來量化聚糖。用戶可以指定小至0.0001的容差。提取峰強(qiáng)度后，調(diào)整氨氧基TMT報(bào)告離子信號(hào)以說明每種TMT變體中的同位素雜質(zhì)。用戶可以選擇全部聚糖譜匹配中的總和/平均/中值報(bào)告離子強(qiáng)度作為聚糖的數(shù)量。各種圖表，如條形圖、點(diǎn)圖等。

多級(jí)質(zhì)譜（MSⁿ）數(shù)據(jù)分析

SimGlycan包括對(duì)執(zhí)行多級(jí)/序列質(zhì)譜 (MSⁿ) 數(shù)據(jù)分析的支持。MSⁿ是一種對(duì)來自MS/MS（或前級(jí)MS）的產(chǎn)物離子進(jìn)行重碎裂的技術(shù)，是解決異質(zhì)性、分支模式和同壓寡糖結(jié)構(gòu)的有效技術(shù)之一。它允許區(qū)分具有相似特征片段模式的聚糖，這些片段模式在MS/MS光譜中無法區(qū)分。隨著MS (n)水平的增加，生成的片段變得具有結(jié)構(gòu)特異性，這有助于解析同量異位寡糖或?qū)x定結(jié)構(gòu)進(jìn)行詳細(xì)表征。

糖肽定性分析

很多質(zhì)譜儀允許在化合物從在線分離系統(tǒng)中洗脫時(shí)捕獲MS/MS 數(shù)據(jù)。這種LC-MS/MS方法會(huì)生成很大的數(shù)據(jù)集，需要復(fù)雜的信息學(xué)工具在色譜分離過程中分配糖肽結(jié)構(gòu)。這將提高分析效率并提供更深入的質(zhì)譜糖蛋白組數(shù)據(jù)分析。SimGlycan現(xiàn)在支持識(shí)別復(fù)雜混合物的糖肽，這些混合物由LC分離并由MS/MS在批處理模式下檢測(cè)。SimGlycan將使用第三方工具識(shí)別的蛋白質(zhì)ID、蛋白質(zhì)序列或肽序列作為初始輸入。SimGlycan識(shí)別可能的聚糖-肽組合，并根據(jù)MS/MS數(shù)據(jù)中觀察到的峰對(duì)它們進(jìn)行排序，這些峰對(duì)應(yīng)于理論糖肽中的診斷離子?？梢苑治鼍哂?到20 ppm和0.1到2000 milli Dalton (mDa) 之間誤差容限的高分辨率準(zhǔn)確質(zhì)量數(shù)據(jù)。

項(xiàng)目管理

SimGlycan提供項(xiàng)目管理，將結(jié)果與輸入配置文件和搜索參數(shù)相關(guān)聯(lián)。您可以打開任意數(shù)量的項(xiàng)目。用戶可以在一個(gè)項(xiàng)目中導(dǎo)入20,000個(gè)光譜。項(xiàng)目可以根據(jù)來源、實(shí)驗(yàn)室或研究目標(biāo)進(jìn)行分類。這很關(guān)鍵，尤其是在進(jìn)行大規(guī)模聚糖分析項(xiàng)目時(shí)。您可以通過單擊按鈕訪問聚糖相關(guān)信息。與基于Web的應(yīng)用程序不同，SimGlycan將其保存在您自己的計(jì)算機(jī)上。

可用信息包括：

聚糖結(jié)構(gòu)：顯示聚糖的分子結(jié)構(gòu)（碳水化合物序列）。

Glycan Fragments：使用Domon Costello碎片規(guī)則顯示命名法、結(jié)構(gòu)、m/z值和質(zhì)量。為每個(gè)片段分配一個(gè)序列號(hào)。

i) 糖苷片段：顯示單個(gè)糖苷和糖苷/糖苷片段。

ii) 交叉環(huán)片段：顯示單個(gè)交叉環(huán)和糖苷/交叉環(huán)片段。

糖肽結(jié)構(gòu)：顯示肽序列和蛋白質(zhì)糖基化位點(diǎn)以及聚糖結(jié)構(gòu)。

注釋質(zhì)譜并生成報(bào)告： SimGlycan可以使用cartoons或Domon-Costello命名法對(duì)質(zhì)譜進(jìn)行注釋。還描繪了片段的電荷狀態(tài)。

導(dǎo)出帶注釋的峰列表：用戶可以將全部搜索結(jié)果的帶注釋的峰列表從20,000個(gè)MS/MS光譜導(dǎo)出到單個(gè)項(xiàng)目報(bào)告。用戶可以在帶注釋的峰列表中只包含匹配的片段或同時(shí)包含匹配和不匹配的片段。

繪制聚糖

SimGlycan使用戶能夠繪制和編輯聚糖和糖肽結(jié)構(gòu)。只需單擊按鈕，即可添加或刪除單糖、肽鏈或HSO 3、Etn等取代基，并可修改分支點(diǎn)和異頭連接。在每一步，繪制結(jié)構(gòu)的碎片化使用戶能夠比較實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和理論數(shù)據(jù)，使用戶能夠查看他的修改是否使理論聚糖更接近實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。此功能很大地有助于解析糖鏈結(jié)構(gòu)，尤其是當(dāng)目標(biāo)糖鏈的數(shù)據(jù)尚不可用時(shí)。

質(zhì)譜解釋

軟件通過突出顯示與理論碎片相匹配的實(shí)驗(yàn)m/z值來幫助解釋質(zhì)譜，并生成描述連續(xù)單糖單元損失的注釋光譜。這有助于研究人員建立分支模式并驗(yàn)證聚糖的基本單元。每個(gè)峰都可以使用cartoons或Domon Costello命名法來表示。如果碎片是多電荷的，也會(huì)顯示碎片的電荷狀態(tài)。

SimGlycan能夠生成帶注釋的質(zhì)譜，以適合頁(yè)面或基于感興趣的區(qū)域。它還會(huì)將其導(dǎo)出以與您的同事分享發(fā)現(xiàn)。

簡(jiǎn)單的界面使您能夠放大特定的繪圖位置，指定m/z范圍以顯示特定的繪圖部分，還可以將繪圖作為圖像文件導(dǎo)出到MS PowerPoint，以便發(fā)布結(jié)果并與同事共享信息。

Cartoons是使用標(biāo)準(zhǔn)的單糖功能糖組學(xué)（CFG）命名法構(gòu)建的（在CFG注釋不可用的情況下使用自定義符號(hào)）。您可以同時(shí)繪制全部類型的糖苷片段，同時(shí)以符號(hào)表示格式注釋光譜。

*此功能在SimGlycan企業(yè)版中可用。

SimGlycan企業(yè)版

SimGlycan企業(yè)版現(xiàn)已推出。如果您使用的是私人定制數(shù)據(jù)庫(kù)或?qū)Ｓ袛?shù)據(jù)，企業(yè)版是您正在尋找的解決新型聚糖的安全工具。您可以從數(shù)據(jù)庫(kù)中添加或刪除聚糖結(jié)構(gòu)，或創(chuàng)建您自己的子數(shù)據(jù)庫(kù)以縮小搜索范圍，直接從您的工作站方便。多個(gè)聚糖的結(jié)構(gòu)信息可以存儲(chǔ)在一個(gè)文件中并添加到數(shù)據(jù)庫(kù)中，從而節(jié)省時(shí)間。

系統(tǒng)要求：

Windows 支持的平臺(tái)：Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11