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GlycanExplorer是一種高通量生物治療性聚糖表征軟件工具。配備in-silico片段和HRAM糖譜數(shù)據(jù)庫，軟件可以高精度識別可能的糖鏈結(jié)構(gòu)。
GlycanExplorer是用于生物治療性聚糖表征和定量的一站式軟件解決方案。借助預(yù)加載的高分辨率準確聚糖譜數(shù)據(jù)庫，該軟件可讓您有信息識別可能的聚糖結(jié)構(gòu)。廣泛的數(shù)據(jù)組織以及交互式圖表有助于實現(xiàn)聚糖樣品的詳細分析，這進一步有助于得出有意義的生物學理論。
GlycanExplorer主要功能：
HRAM糖譜庫
GlycanExplorer可容納來自各種治療性糖蛋白的內(nèi)置HRAM糖譜庫，這些糖蛋白用熒光團標記，例如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、Rapi Fluor-MS、普魯卡因胺（ProcA）等。
該軟件包含各種單克隆抗體（mAb）變體（Cetuximab, Ipilimumab, Infliximab, Pertuzumab, Golimumab, Nivolumab, and NIST mAb）和其他糖蛋白（例如Apotransferrin, Orosomucoid, Ovalbumin, RNaseB等）的光譜庫。
創(chuàng)建光譜庫
除了內(nèi)置數(shù)據(jù)庫外，GlycanExplorer還允許您創(chuàng)建您感興趣的聚糖的光譜數(shù)據(jù)庫。您可以導(dǎo)入多個糖鏈結(jié)構(gòu)，指定它們的實驗細節(jié)，存儲多個質(zhì)譜（MS1和MS/MS）及其相關(guān)的色譜信息。為幫助您創(chuàng)建高分辨率糖鏈質(zhì)譜庫，該軟件還允許您根據(jù)導(dǎo)入質(zhì)譜的單個或多個參考離子校準前體和產(chǎn)物離子?？梢园凑找韵驴焖俨襟E創(chuàng)建光譜數(shù)據(jù)庫：
1. 在單個文本文件（示例KCF文件、示例序列文件）中收集構(gòu)成聚糖結(jié)構(gòu)的KCF（Kegg化學功能）內(nèi)容/序列。
2. 指定數(shù)據(jù)庫名稱、描述并使用KCF/Sequence文件導(dǎo)入聚糖結(jié)構(gòu)。
3. 指定儀器詳細信息、聚糖特定實驗詳細信息（電離技術(shù)、碎片化技術(shù)、還原末端熒光團等）和樣品入口詳細信息（直接注入或分離）。
4. 導(dǎo)入多糖異性MS1和MS/MS譜圖，指定離子種類信息，并通過與多糖特異性in-silico碎片匹配來注釋光譜片段。
5. 一旦成功注釋，光譜將被保存并進一步用作報告候選聚糖結(jié)構(gòu)的參考光譜。
的LC-MS峰值拾取和校準
GlycanExplorer具有強且的LC-MS和LC-MS/MS數(shù)據(jù)處理算法，用于檢測LC峰，并隨后從原始數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)分子特征。該算法可以準確的檢測LC化合物及其同位素包絡(luò)線。該算法有助于準確分配前體m/z值和MS/MS掃描的電荷狀態(tài)。它還使您能夠提交質(zhì)量列表以進行峰檢測和挑選。此功能顯著降低了復(fù)雜生物樣品中低豐度化合物無法檢測到LC峰的可能性。
如果您的目標生物樣品有多個技術(shù)重復(fù)，GlycanExplorer允許您在指定的m/z和保留時間容差內(nèi)將全部相應(yīng)技術(shù)重復(fù)中的樣品檢測峰對齊。此功能可幫助您找到全部重復(fù)中普遍檢測到的有效峰并丟棄不一致的峰。
主要特征：
1. 一種強的峰檢測算法，具有可編輯的參數(shù)，例如m/z容差、降噪、峰寬、包括提交質(zhì)量列表的工具。
2. 自動平滑和色譜解卷積。
3. 同位素包膜的識別。
4. 準確分配MS/MS光譜的前體m/z和電荷態(tài)。
5. 查看和導(dǎo)出不同的色譜圖（總離子色譜圖、提取離子色譜圖、基峰色譜圖）。
6. 靈活的MS/MS簇算法。
7. 使用用戶指定的m/z和保留時間公差進行峰對齊。
可靠的高通量聚糖鑒定
GlycanExplorer支持多種糖鏈分析工作流程，幫助您有信心識別糖鏈結(jié)構(gòu)。
使用來自實驗MS1數(shù)據(jù)、離子種類和其他實驗信息的化合物的準確質(zhì)量，該軟件可以可靠的預(yù)測候選聚糖結(jié)構(gòu)。
該軟件還可以通過將實驗產(chǎn)物離子（來自MS/MS掃描）與其數(shù)據(jù)庫中可用的聚糖特異性in-silico碎片匹配，準確預(yù)測候選聚糖結(jié)構(gòu)。
借助內(nèi)置或自定義創(chuàng)建的高分辨率準確質(zhì)量（HRAM）糖鏈譜庫，該軟件允許您通過比較實驗MS/MS譜圖與參考譜圖來識別可能的糖鏈。
該軟件引入了一種特有的糖鏈結(jié)構(gòu)報告機制，結(jié)合了in-silicp模擬和光譜模式匹配搜索方法的可信度。此工作流程先通過將實驗MS/MS片段與聚糖特異性in-silico碎片匹配來識別候選聚糖，然后將這些實驗光譜與HRAM參考光譜庫進行比對。
主要特征：
1. 適應(yīng)MS1和基于MS/MS的聚糖鑒定的工作流程，用于直接輸注、LC、MALDI-MS/MS工作流程生成的數(shù)據(jù)。
2. 支持全部主要的還原端熒光團，如2-氨基苯甲酰胺（2-AB）、2-氨基苯甲酸（2-AA）、GlycanWorks RapiFluor-MS、普魯卡因胺（ProcA）等。
3. 一次性分析多種離子組合的數(shù)據(jù)。
4. 為高可信度聚糖鑒定設(shè)置閾值分數(shù)的工具。
5. 多個過濾器以減少誤報。
實時優(yōu)化
在實驗室研究中，實時優(yōu)化對于糾正錯誤并在相當短的時間內(nèi)實現(xiàn)預(yù)期輸出是必要的。GlycanExplorer為您提供了使用一組優(yōu)化的搜索條件（例如異構(gòu)分組的保留時間容差、聚糖分組、標準化策略等）對數(shù)據(jù)集重新運作分析的功能，而不會覆蓋先前分析的結(jié)果。因此，您可以分析在不同參數(shù)集下獲得的結(jié)果，以快速得出有意義的推論。此外，GlycanExplorer允許您生成交互式圖表和繪圖以查看分析的輸出，并優(yōu)化適合您的數(shù)據(jù)的搜索參數(shù)。
主要特征：
1. 多個參數(shù)微調(diào)優(yōu)化的搜索結(jié)果。
2. 交互式圖表和繪圖以查看參數(shù)。
3. 將優(yōu)化后的參數(shù)集保存為新方法以備將來使用。
帶注釋的色譜圖和質(zhì)譜圖
GlycanExplorer通過生成帶注釋的色譜圖和光譜圖幫助您查看數(shù)據(jù)。它顯示全部三個色譜圖，總離子色譜圖（TIC）、基峰色譜圖（BPC）、提取/選擇離子色譜圖（XIC/SIC），并標注了聚糖組成和保留時間。如果生物樣品有多個技術(shù)重復(fù)，軟件也會顯示疊加色譜圖。
為了直觀的驗證報告的候選聚糖結(jié)構(gòu)的準確性，軟件會顯示帶注釋的質(zhì)譜和鏡像圖。
GlycanExplorer有一個專用的Spectrum面板，可顯示已識別聚糖的詳細信息以及它們的實驗色譜信息。
主要特征：
1. 帶有明確定義的同位素體和聚糖結(jié)構(gòu)的注釋MS1譜圖。
2. MS/MS譜圖用特定結(jié)構(gòu)的特征離子和聚糖結(jié)構(gòu)進行注釋。
3. 鏡像圖顯示MS/MS光譜數(shù)據(jù)庫搜索的效率。
4. 豐富的數(shù)據(jù)和顯示參數(shù)生成您選擇的色譜圖或質(zhì)譜圖。
5. 顯示詳細的聚糖信息和相應(yīng)的實驗和色譜細節(jié)。
結(jié)果的顯示和多糖圖譜
GlycanExplorer提供分層數(shù)據(jù)組織模型。它顯示對齊的峰列表，可以進一步逐步擴展以查看生物樣本、它們的技術(shù)復(fù)制和相應(yīng)的同位素體。該軟件報告識別的聚糖結(jié)構(gòu)及其成分。
對于每組搜索結(jié)果，該軟件允許您微調(diào)參數(shù)并實時比較輸出，幫助您找到適合您的樣本數(shù)據(jù)的優(yōu)化參數(shù)組。
該軟件可生成頻率表、離子豐度表、交互式條形圖和餅圖，覆蓋您的數(shù)據(jù)。
主要特征：
1. 豐富的分層數(shù)據(jù)組織，可依次展開查看全部樣本和重復(fù)信息。
2. 頻率表和離子豐度表提供樣品中聚糖的定量匯總。
3. 交互式條形圖和餅圖有助于可視化樣品的聚糖譜。
GlycanExplorer工作流程：
使用MS1 Spectra對N-聚糖進行高通量分析
GlycanExplorer支持使用MS1光譜對衍生和天然（游離還原端）聚糖樣品進行N-聚糖分析。支持的衍生方法是全甲基化和熒光團標記的還原末端修飾。作為先決條件，用戶須創(chuàng)建包含精選N-聚糖結(jié)構(gòu)的自定義數(shù)據(jù)庫，保存實驗信息（如儀器詳細信息、電離技術(shù)、衍生化、還原末端熒光團），并存儲特定結(jié)構(gòu)的MS1光譜。
該軟件接受實驗前體質(zhì)量、離子種類、還原末端熒光團信息作為輸入，并在用戶指定的質(zhì)量容差內(nèi)使用準確質(zhì)量搜索報告候選聚糖結(jié)構(gòu)。GlycanExplorer可在一次搜索運行中識別多個加合物組合的可能聚糖結(jié)構(gòu)，從而節(jié)省重復(fù)分析所花費的時間。具有低delta質(zhì)量的聚糖得分高，并分配給感興趣的化合物。
數(shù)據(jù)庫搜索完成后，軟件會自動生成一個質(zhì)譜，對已識別的LC化合物的每個同位素體進行注釋。還可以生成包含已識別聚糖結(jié)構(gòu)的便攜式Microsoft Excel報告。
主要特征：
1. 的LC-MS峰檢測和選擇。
2. 詳細的數(shù)據(jù)庫搜索參數(shù)和過濾器。
3. 一次執(zhí)行多個加合物組合的數(shù)據(jù)庫搜索。
4. 顯示帶有注釋的LC-化合物同位素體的MS1譜圖。
5. 便攜式Microsoft Excel報告生成。
使用MS/MS Spectra對N-聚糖進行高通量分析
GlycanExplorer可以使用MS/MS數(shù)據(jù)有效識別糖鏈，用于直接輸注、LC-、MALDI-MS/MS工作流程生成的天然（游離還原端）和衍生糖鏈樣品。支持的衍生方法是全甲基化和熒光團標記的還原末端修飾，例如2-氨基苯甲酰胺 (2-AB)、2-氨基苯甲酸 (2-AA)、GlycoWorks Rapi Fluor-MS、普魯卡因酰胺 (ProcA) 等。該軟件接受實驗數(shù)據(jù)并生成候選峰列表（用于LC-MS和 MS/MS數(shù)據(jù)），進一步進行MS/MS數(shù)據(jù)庫搜索以報告候選聚糖結(jié)構(gòu)?？梢詫?dǎo)出搜索結(jié)果以及Microsoft Excel文件中的聚糖結(jié)構(gòu)，以便于共享。
該軟件適用于三種不同類型的MS/MS數(shù)據(jù)庫搜索方法：
in-silico Fragment Matching：在這種搜索方法中，軟件通過將實驗產(chǎn)物離子與指定目標數(shù)據(jù)庫中可用的聚糖特異性in-silico片段進行匹配來報告候選聚糖結(jié)構(gòu)。
譜圖匹配：借助內(nèi)置或自定義創(chuàng)建的高分辨率準確質(zhì)量 (HRAM) 糖鏈譜庫，該軟件允許您通過比較實驗MS/MS譜圖與參考譜圖來識別可能的糖鏈在目標數(shù)據(jù)庫中可用。
in-silico Fragment和Spectral Pattern匹配的組合：GlycanExplorer引入了一種特有的聚糖結(jié)構(gòu)報告機制，結(jié)合了in-silico和光譜模式匹配搜索方法的可信度。工作流程識別候選聚糖，先通過將實驗MS/MS片段與聚糖特異性in-silico片段匹配，然后將這些實驗光譜（報告具有高于指定閾值的in-silico方法的聚糖結(jié)構(gòu)）與HRAM參考光譜庫。
主要特征：
1. 導(dǎo)入Thermo Scientific原生 .raw 文件格式并分配樣本和重復(fù)。
2. 的LC-MS峰檢測和選擇。
3. 用于指定詳細數(shù)據(jù)庫搜索參數(shù)和過濾器的專用窗口。
4. 可以一次性使用多個加合物組合進行數(shù)據(jù)庫搜索。
5. 顯示帶注釋的MS/MS譜圖以及糖鏈結(jié)構(gòu)。
6. 便攜式Microsoft Excel報告生成。
系統(tǒng)要求：
| 對于Windows | 需要 | 推薦 |
| CPU | Intel Core i5 | i5 / i7 |
| 系統(tǒng)類型 | 64位 | 64位 |
| 內(nèi)存 | 16GB或更高 | 32GB |
| 硬盤空間 | 1TB | 1TB或更高 |
Windows 支持的平臺：Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11
