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Lynnon Biosoft 為激動(dòng)人心的基因組科學(xué)的教育、研究和開(kāi)發(fā)開(kāi)發(fā)和銷(xiāo)售生物信息學(xué)軟件平臺(tái)。我們的產(chǎn)品 DNAMAN 軟件包為序列分析和數(shù)據(jù)挖掘提供了一個(gè)有效的工具包。
什么是DNAMAN
DNAMAN適用于分析生物學(xué)應(yīng)用的一體化軟件包。改軟件包為序列分析提供了一個(gè)就有多種功能的集成系統(tǒng)。您不再需要一個(gè)程序進(jìn)行限制性分析，而其他程序進(jìn)行多序列對(duì)比、設(shè)計(jì)PCR引物、蛋白質(zhì)序列分析或繪制質(zhì)粒.....DNAMAN為您執(zhí)行這些任務(wù)。
DNAMAN的速度、多功能性、準(zhǔn)確性和高質(zhì)量的演示使其成為每個(gè)分子生物學(xué)家可以依賴(lài)的基本工具之一。DNAMAN是眾多評(píng)審科學(xué)期刊中高度引用的序列分析軟件。他也是一個(gè)序列分析軟件包，每所大學(xué)、研究機(jī)構(gòu)、實(shí)驗(yàn)室和研究科學(xué)家都可以負(fù)擔(dān)的起。
DANMAN可用于Microsoft Windows、OSX和Linux。三個(gè)平臺(tái)上的DANMAN文件共享相同的格式。
DANMAN的通用格式系統(tǒng)方便了Windows、Mac OSX和Linux之間的通信，使您的平臺(tái)獨(dú)立。
DNAMAN 序列分析功能簡(jiǎn)介
序列分析集成系統(tǒng)
Windows、OSX 和 Linux 上的 DNAMAN 桌面
適用于 Windows 的 DNAMAN
用于 OSX 的 DNAMAN
用于 Linux 的 DNAMAN
序列操作
序列處理和轉(zhuǎn)換
序列輸入
DNAMAN 序列是用關(guān)鍵字格式化的純文本文件。該程序接受其他常見(jiàn)的序列格式，例如 GenBank、GCG、CUSTAL、FASTA、PIR 和 GDE。DNAMAN 利用序列通道將活動(dòng)序列保存在內(nèi)存中以進(jìn)行快速計(jì)算。數(shù)據(jù)庫(kù)也可用于幫助組織特定研究項(xiàng)目的序列。三個(gè)序列輸入界面均可在 DNAMAN Desktop 上訪(fǎng)問(wèn)。
序列組成和轉(zhuǎn)換
DNAMAN 使用簡(jiǎn)單的下拉菜單命令報(bào)告序列組成和分子量。它可以將序列轉(zhuǎn)換為其反向、互補(bǔ)、反向互補(bǔ)、雙鏈和 RNA 序列。
序列搜索
列搜索
DNAMAN 提供用于序列搜索和比較的工具，包括核苷酸或氨基酸序列、共有序列、開(kāi)放閱讀框、重復(fù)序列。小干擾 RNA (siRNA) 選擇工具可用于提高 siRNA 設(shè)計(jì)的質(zhì)量。用戶(hù)可以在 DNAMAN 程序中對(duì) NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)或其他基于網(wǎng)絡(luò)的序列服務(wù)器執(zhí)行 BLAST 搜索。
限制分析
DNAMAN 為 DNA 序列的限制性分析提供直觀的界面。結(jié)果可以顯示為文本、限制圖和限制模式（瓊脂糖凝膠）。其他工具包括電子克隆、從片段重建限制性圖譜、靜默突變和定向錯(cuò)配。
序列組裝
DNAMAN 使用快速準(zhǔn)確的比對(duì)算法來(lái)組裝大量序列。跟蹤文件可以直接用于匯編。SNP可以通過(guò)組裝的序列集進(jìn)行驗(yàn)證。
同源比較
點(diǎn)陣圖
可以使用點(diǎn)圖在 DNAMAN 中分析大序列的同源區(qū)域。感興趣的序列區(qū)域可以放大并直接對(duì)齊。
兩個(gè)序列比對(duì)
DNAMAN 提供了快速或優(yōu)化的算法來(lái)比對(duì)兩個(gè) DNA 或蛋白質(zhì)序列。
多序列比對(duì)
DNAMAN 使用 ClustalW 算法（Feng-Doolittle 和 Thompson）進(jìn)行對(duì)齊，使用全局對(duì)齊算法（Wilbur 和 Lipman）進(jìn)行快速對(duì)齊。DNAMAN 中的三種比對(duì)提供了高質(zhì)量的比對(duì)結(jié)果。使用快速比對(duì)方法，您可以快速比對(duì)大量 DNA 或蛋白質(zhì)序列。可以在多比對(duì)序列編輯器中進(jìn)一步修改或調(diào)整比對(duì)。
系統(tǒng)發(fā)育分析
DNAMAN 使用通用算法計(jì)算同源矩陣并建立全部序列對(duì)之間的相關(guān)距離。它可以生成距離矩陣，并從多個(gè)比對(duì)中繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)或同源樹(shù)。自舉分析可用于系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的置信度值。
引物/寡核苷酸分析
PCR引物設(shè)計(jì)
DNAMAN 為 PCR 引物選擇提供了控制標(biāo)準(zhǔn)。您可以通過(guò)設(shè)置目標(biāo) DNA 的區(qū)域、PCR 產(chǎn)物的大小、引物特性、反應(yīng)條件和引物配置來(lái)優(yōu)化引物過(guò)濾。
其他功能
可以分析寡核苷酸引物的解鏈溫度、互補(bǔ)性、錯(cuò)誤引物、沉默突變和定向錯(cuò)配。
蛋白質(zhì)分析
蛋白質(zhì)序列分析
DNAMAN 提供了用于蛋白質(zhì)序列分析的工具，包括：從兩個(gè) DNA 鏈中翻譯六個(gè)閱讀框、遺傳密碼表的變異、閱讀框概述、密碼子使用分析、氨基酸組成、親水譜、電荷和 pI 分析、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和反向翻譯。
數(shù)據(jù)庫(kù)管理
DNAMAN 數(shù)據(jù)庫(kù)管理
DNAMAN 使用標(biāo)準(zhǔn)關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)引擎 Sqlite3 來(lái)管理 DNA/蛋白質(zhì)序列和寡核苷酸序列。
LBDraw（限 Windows）
LBDdraw的特點(diǎn)
在 Internet 上（限 Windows）
適用于 Windows 的內(nèi)置 DNAMAN Internet/Intranet 瀏覽器
DNAMAN 提供了一個(gè)集成的 Web 瀏覽器來(lái)訪(fǎng)問(wèn) Internet 或您的 Intranet。
