溫馨提示：需求數(shù)量不同，價(jià)格不同。請聯(lián)系我們，確認(rèn)當(dāng)前新的報(bào)價(jià)！
Sequencher是DNA 序列分析的工業(yè)標(biāo)準(zhǔn)軟件。它可以和全部自動(dòng)序列分析儀一同工作，并且因?yàn)樗腃ontig 組裝、很短的學(xué)習(xí)曲線、用戶友好的編輯工具，以及突出的技術(shù)而眾所周知。從差不多15年前初次版本到現(xiàn)在，Sequencher在基因和制藥公司中應(yīng)用于序列分析任務(wù)，Sequencher被生命科學(xué)研究者們使用于很多不同的 DNA 序列分析應(yīng)用方面，包括基因重組、突變檢測、法醫(yī)的人體辨別，以及分類學(xué)等等...
Sequencher內(nèi)含多種拼接算法，還有功能的序列編輯工具、具有ORF分析，酶切位點(diǎn)作圖、雜合子識(shí)別等分析功能。可以應(yīng)用于雜合子和SNP的檢測和分析，cDNA到染色體DNA的大型間隙對準(zhǔn)，比較排序，對置信評分的、ORD轉(zhuǎn)換、GeneBank化導(dǎo)入、以及限制酶映射等等，序列比對可直接用MEGA操作，編輯更方便，比對時(shí)間稍短。Sequencher新版本為5.4.6。
DNA序列分析的新功能和增強(qiáng)功能：
Sanger：
從Primer-BLAST發(fā)送引物對序列，在Sequencher Connections中運(yùn)行到Sequencher項(xiàng)目
使用項(xiàng)目窗口中的共有序列作為混合測序項(xiàng)目的NGS的參考序列
New Batch Revert Trim Ends命令
能夠在項(xiàng)目窗口中調(diào)整字體大小
NGS：
更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
構(gòu)建可重復(fù)用于與全基因組的GSNAP數(shù)據(jù)庫和BWA索引
使用FastQC報(bào)告查看和保存NGS原始數(shù)據(jù)文件的質(zhì)量得分和元數(shù)據(jù)
生成變體調(diào)用文件（VCF）以使用SAMtools標(biāo)記NGS對齊中的變體
RNA-Seq：
擴(kuò)展袖和套裝，加入Cuffquant和Cuffnorm
Cuffdiff和Cuffnorm的條件和重復(fù)編輯器
增強(qiáng)的RNA-Seq可視化，具有自定義排序和過濾選項(xiàng)
使用增強(qiáng)的外部數(shù)據(jù)瀏覽器管理DNA-Seq和RNA-Seq項(xiàng)目
Sequencher 產(chǎn)品：
SNP 檢測 (SNP Detection)
序列裝配 (Sequence Assembly)
序列編輯 (Sequence Editing)
自動(dòng)分析 (Automated Analysis)
矢量微調(diào) (Vector Trimming)
SNP 檢測
使用 Sequencher 來進(jìn)行比較對準(zhǔn)以便鑒別和報(bào)告 SNP 以及突變。
例如，調(diào)用峰，功能分析你的序列以尋找潛在的雜合子。你可以控制定義雜合子的嚴(yán)格度。
在裝配總攬中表示出雜合子的位置
你可以從雜合子跳到下，而需要在 Base View 里面按一下空格鍵。你還可以觀察及其參考序列的轉(zhuǎn)換。
及其參考序列的區(qū)別會(huì)列在可導(dǎo)出的表格內(nèi)。參考序列從裝配到下裝配時(shí)，SNP 的數(shù)目保持。
序列裝配
Sequencher 的裝配算法可以將你的 DNA 片斷而又的裝配起來。自覺的工具允許你在數(shù)秒內(nèi)就可以設(shè)置好參數(shù)并且調(diào)整它們。
你可以不顧方向的裝配序列。Sequencher 會(huì)比較前端和反轉(zhuǎn)補(bǔ)體方向來裝配可能的 Contig。
將 Sequencher 的多功能裝配工具應(yīng)用到：
確定矢量構(gòu)造
裝配病毒和細(xì)菌基因組
從 DNA 庫中聚類數(shù)以萬計(jì)的序列
將基因變體和參考序列做差異化數(shù)據(jù)
創(chuàng)建引物地圖
將 DNA 裝配成基因組序列
以及項(xiàng)目...
Sequencher能夠給你足夠的信心認(rèn)為序列是決定正確的。你可以只觀察序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時(shí)查看多個(gè)對齊的色譜圖。在你的已對齊數(shù)據(jù)中滾動(dòng)式很的。你可以使用Sequencher的選擇工具來高亮不或者低質(zhì)量的區(qū)域。
下一代DNA測序（NGS）
Sequencher通過將新的同行評審的NGS算法從命令行中帶入直觀的點(diǎn)擊界面，為臺(tái)式科學(xué)家提供。是執(zhí)行參考引導(dǎo)的比對，從頭組裝，變體調(diào)用還是SNP分析，Sequencher都擁有獲得結(jié)果的工具。Sequencher了的Cufflinks套件，用于深入轉(zhuǎn)錄分析和RNA-Seq數(shù)據(jù)的差異基因表達(dá)。Sequencher可以使用自定義圖表和圖表生成RNA-Seq數(shù)據(jù)的可視化，從而在幾秒鐘內(nèi)為您提供可用于發(fā)布的圖形。
Sanger DNA分析
Sequencher廣泛的Sanger分析功能是它構(gòu)建的基礎(chǔ)。從頭到尾可定制。憑借易于使用的界面已經(jīng)磨煉超過25年，初次用戶將在幾分鐘內(nèi)感覺像人士。修剪讀取，自定義裝配和對齊算法，變化表，摘要報(bào)告，注釋等內(nèi)容。
序列編輯
Sequencher 能夠給你足夠的信心認(rèn)為序列是正確的。你可以只觀察序列的色譜圖，你也可以從前端或反方向同時(shí)查看多個(gè)對齊的色譜圖。 在你的已對齊數(shù)據(jù)中滾動(dòng)是很的。你可以使用 Sequencher 的選擇工具來高亮不或者低質(zhì)量的區(qū)域。
自動(dòng)分析
Sequencher 可對你的數(shù)據(jù)進(jìn)行批處理，這個(gè)過程是透明、用戶可定義、可恢復(fù)的，并且 Sequencher 不為了自動(dòng)化的目的而破壞你科學(xué)結(jié)論的正確性。
當(dāng)你工作在多個(gè)序列時(shí)，Sequencher 可以：
調(diào)用峰
調(diào)整矢量
調(diào)整低質(zhì)量的尾端
創(chuàng)建序列
恢復(fù)到實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
Sequencher 總是管理兩份數(shù)據(jù)，一份編輯過的，一份則是原始的導(dǎo)入數(shù)據(jù)。當(dāng)你應(yīng)用“Revert to Experimental Data”命令到在你項(xiàng)目中已選定的序列或者在一序列中的選中部分時(shí)，你可以撤銷或者部分編輯動(dòng)作。
自從 4.5 以后，Sequencher 就了新的自動(dòng)化工具，“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”，你可以選擇片段名的一部分作為共享的標(biāo)識(shí)符，或者說是“裝配句柄”。Sequencher 就可以將選擇和名字自動(dòng)轉(zhuǎn)換為 Contig。例如，通過按鈕的點(diǎn)擊，你就可以將 90 個(gè)文件，45對前端和反向序列轉(zhuǎn)換成 45 個(gè)根據(jù)你的病人編號(hào)命名的 Contig。裝配參數(shù)的變化都會(huì)重組你的片段，因此你可以根據(jù)克隆編號(hào)、日期、引物，或者你記錄在序列名稱中的，來裝配 Contig。
如果你做了排序，你會(huì)感激“Assemble by Name”，尤其是在你有個(gè)帶有標(biāo)準(zhǔn)引物集的樣本序列時(shí)。事實(shí)上，在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“Assemble by Name”。一些應(yīng)用：
用于身份鑒定和人口研究的 MHC 和線粒體基因排序。
候選基因的 PCR 產(chǎn)品的分析。
對保存的跨系統(tǒng)分類物種基因的排序。
通過跟蹤病毒對抗病毒劑或疫苗的抗藥性，對病毒序列進(jìn)行監(jiān)控。
即使在項(xiàng)目中只有 Contig，“Assemble by Name”仍然是有用的，因?yàn)樗?Contig 的名稱可以較地表述樣本的名稱。如果你有命名為“Bob”的樣本，那么正確命名你的 Contig 并不是什么難事，但你有象“Bob-2309888762-4321”這樣更復(fù)雜的名字時(shí)，允許 Sequencher 命名你的 Contig 是有用的。
矢量調(diào)整
自動(dòng)排序器以基礎(chǔ)調(diào)用錯(cuò)誤生成結(jié)果。從 DNA 庫克隆的序列通常矢量序列、polyA 尾，或不相關(guān)序列。內(nèi)含子和引物序列通常會(huì)和放大的外顯子序列側(cè)面相連。不調(diào)整的話，這些污染物會(huì)扭曲你的裝配和下游分析。 Sequencher 允許你調(diào)整低質(zhì)量或者含糊的數(shù)據(jù)。“Trim Ends”將令人誤解的數(shù)據(jù)從序列片段的尾部去除。“Trim Vector”將污染序列尾部的序列數(shù)據(jù)移除?！癟rim to Reference”剔除超出裝配參考序列的序列尾部
在執(zhí)行調(diào)整之前，Sequencher 會(huì)顯示計(jì)劃調(diào)整的圖形描述，這個(gè)功能允許你重新定義你的條件。
系統(tǒng)要求：
Mac要求：
Mac平臺(tái)當(dāng)前版本的Sequencher 5.4.6版本：10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14
在Mac上Sequencher的硬盤空間要求為355MB
在Mac上運(yùn)行Sequencher的內(nèi)存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具處理NGS數(shù)據(jù)需要額外的6GN RAM。對于GSNAP，建議16GB。
Windows要求：
操作系統(tǒng)：Windows 10，Windows 8.1，Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.
Windows上Sequencher的硬盤空間要求為280MB
在Windows上運(yùn)行Sequencher的內(nèi)存要求是3GB RAM
注意：Apple發(fā)行時(shí)，Sequencher5.4.6將與MacOS Catalina（10.15）不兼容。為了繼續(xù)使用Sequencher 5.4.6，請暫時(shí)不要升級(jí)MacOS。
