SnapGene是一款強(qiáng)大的多功能的分子生物學(xué)工具，能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜，用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件，幫助我們準(zhǔn)備清晰的分析生物學(xué)繪制相關(guān)圖形。SnapGene提供了計(jì)劃，可視化和記錄DNA克隆和PCR的極快和簡(jiǎn)單的方法。您可以輕松注釋功能并設(shè)計(jì)引物。該軟件體積小巧，但是功能十分強(qiáng)大，包含了序列編輯、標(biāo)記、內(nèi)切酶分析、蛋白產(chǎn)物分子量預(yù)等實(shí)用功能，可以滿足不同生物學(xué)研究人員對(duì)相應(yīng)序列進(jìn)行分析的操作。SnapGene V5已發(fā)布！

　　版本5.0的更改

　　新功能

• 添加了用于DNA和蛋白質(zhì)序列的成對(duì)比對(duì)的工具

• 提供了對(duì)自定義背景窗口顏色的支持

• 添加了以小寫形式顯示要素翻譯的功能

• 將比對(duì)限制在參考DNA序列的指定鏈或區(qū)域中

• 添加了直接從Ensembl導(dǎo)入序列的功能

• 啟用了一個(gè)或多個(gè)翻譯特征的密碼子頻率的計(jì)算和保存

• 啟用的功能可見(jiàn)性可按功能類型切換

• 添加了在導(dǎo)入序列跡線以進(jìn)行重疊群裝配或多序列比對(duì)時(shí)修剪低質(zhì)量末端的選項(xiàng)

• 使對(duì)齊的cDNA可用于用外顯子和內(nèi)含子注釋特征

• 添加了對(duì)打開(kāi)DNASIS文件的支持

• 增強(qiáng)的BLAST支持可提供所有五個(gè)選項(xiàng)（blastn，blastx，tblastx，blastp和tblatn）

• 查看參考序列的比對(duì)時(shí)，更新了“比對(duì)序列”菜單，并添加了以下新命令：· 在窗口中復(fù)制所選序列·刪除所有序列·顯示/隱藏序列跡線的質(zhì)量數(shù)據(jù)

• 使多重DNA比對(duì)的選定部分可以轉(zhuǎn)換為多重蛋白質(zhì)比對(duì)

• 添加了一個(gè)控件，用于將集合中的選定文件導(dǎo)出為PDF或制表符分隔格式的列表。

• 添加了一個(gè)：“選擇DNA序列...”按鈕來(lái)模擬瓊脂糖凝膠對(duì)話，作為配置多個(gè)通道的捷徑

• 可以將氨基酸序列復(fù)制為1或3個(gè)字母的氨基酸代碼

• 啟用復(fù)制成對(duì)或多個(gè)對(duì)齊窗口中跨越多行的選區(qū)的功能

• 添加了新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)室“Tridye?超低范圍DNA階梯”

　　增強(qiáng)功能

• 計(jì)算具有間隙的特征的段的總長(zhǎng)度，該信息現(xiàn)在顯示在“特征”視圖，特征對(duì)話框和特征工具提示中

• 通過(guò)使用圖標(biāo)減少了收集界面中“代碼編號(hào)”列的寬度

• 添加了通過(guò)推出“編輯要素”對(duì)話框時(shí)調(diào)整其閱讀框來(lái)保留要素翻譯的選項(xiàng)

• 在“首選項(xiàng)”中添加了一個(gè)選項(xiàng)，以在道爾頓的蛋白質(zhì)文件中顯示選擇的MW

• 如果在組裝重疊群時(shí)未包含某些輸入序列，則添加了一條通知

• 添加了用于從列表導(dǎo)入引物的鍵盤快捷方式

• 放寬了禁止在引物名稱中使用<和>字符的限制

• 改進(jìn)了T7啟動(dòng)子功能的檢測(cè)

• 改進(jìn)了從NCBI的導(dǎo)入范圍，以允許左端點(diǎn)和右端點(diǎn)交換的區(qū)域，并識(shí)別“c”表示反向互補(bǔ)

• 增加了對(duì)新遺傳密碼的支持

• 改進(jìn)了與參考DNA序列比對(duì)的算法

• 改進(jìn)了從geneXplain生成的BED和GTF文件中導(dǎo)入特征的功能

• 在用戶界面中提供了對(duì)齊程序（例如MUSCLE）的版本號(hào)

• 通過(guò)包括在DNA線以下延伸的線，提高了選擇及其端點(diǎn)在地圖中的可見(jiàn)性

• 增強(qiáng)了“編輯MW標(biāo)記列表”對(duì)話框，以支持按供應(yīng)商顯示MW標(biāo)記，并允許從供應(yīng)商處一步選擇所有的MW標(biāo)記

• 在“功能”視圖中，具有許多功能的序列極大的改善了滾動(dòng)性能

• 在“酶和引物”菜單中添加了命令，以拉出“首選項(xiàng)”中的相應(yīng)選項(xiàng)卡

• 蛋白質(zhì)窗口中的“增強(qiáng)的屬性”視圖列出了平均分子量和但同位素分子量

• 使對(duì)齊對(duì)話框變?yōu)闊o(wú)模式，以允許切換到其他SnapGene窗口

• 通過(guò)從選擇的每一端向下延伸藍(lán)線，提高了多對(duì)齊窗口中共識(shí)選擇的可見(jiàn)性

• 進(jìn)行了廣泛的優(yōu)化，以加快應(yīng)用程序的總體啟動(dòng)和使用速度

• 從Webkit切換到QTextEdit以進(jìn)行富文本控件

• 改進(jìn)了對(duì)功能限定符和“描述面板”字段中鏈接的支持

• 增加了“TA和GC克隆”對(duì)話框，以允許通過(guò)單擊按鈕來(lái)解決簡(jiǎn)單問(wèn)題

• 改進(jìn)了用于切換與參考這序列對(duì)齊的序列的可見(jiàn)性的控件

• 改進(jìn)了用于在顯示對(duì)齊序列跡線為雙鏈DNA或色譜圖之間切換的控件

• 添加了一條警告，當(dāng)計(jì)算多序列比對(duì)時(shí)，只有Clustal Omega才能保留內(nèi)部終止密碼

• 使用“保存到主集合”時(shí)，如有必要，可以指定一個(gè)主集合

• 瀏覽集合時(shí)，在“視圖”菜單中添加了“列表視圖”和“文件夾視圖”命令

• 將“設(shè)計(jì)綜合構(gòu)造”和“訂單構(gòu)造”命令移至“工具”菜單

• 合并了所有文件類型（DNA，蛋白質(zhì)，比對(duì)）的默認(rèn)字體大小設(shè)置，并增加了對(duì)比對(duì)默認(rèn)字體大小的支持

• 鼠標(biāo)懸停在序列跡線中的一個(gè)峰上時(shí)，改進(jìn)了使用Opt/Alt查看所有四個(gè)堿基高度的可發(fā)現(xiàn)性

• 在“工具”菜單中添加了“管理密碼使用表”命令，因?yàn)橐郧爸荒軓摹懊艽a使用表”對(duì)話框中訪問(wèn)此選項(xiàng)

• 確保即使在為顯示完整說(shuō)明的情況下，“功能”視圖中也可以看到豐富的格式（粗體，斜體，下劃線，上標(biāo)和下標(biāo)）

• 在“DNA計(jì)算”窗口中添加了“GC含量”值

• 啟用了將凝膠圖像，地圖和歷史記錄導(dǎo)出macOS上的EMF矢量格式，以導(dǎo)入到Microsoft Offe產(chǎn)品中的功能

• 在“功能”菜單中添加了“顯示/隱藏所有功能”命令

• 在“入門”菜單中添加了“顯示/隱藏所有入門”命令

• 確保從NCBI導(dǎo)入時(shí)，將LOCUS字段用作默認(rèn)文件名

• 增強(qiáng)了邏輯，以便在SnapGene在線數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入時(shí)，即使不是按字母順序列出的第一個(gè)匹配項(xiàng)，也會(huì)自動(dòng)選擇與查詢的完美配項(xiàng)

• 添加了使用Cmd/Alt+單擊在多重比對(duì)窗口中的共識(shí)和比對(duì)序列之間轉(zhuǎn)移選擇的功能

• 為“翻轉(zhuǎn)序列”和“設(shè)置原點(diǎn)”命令添加了鍵盤快捷鍵

• 增強(qiáng)了蛋白質(zhì)搜索的靈活性，可以在適當(dāng)?shù)那闆r下從查詢中剝離終端停止密碼子

• 改進(jìn)了對(duì)復(fù)制地圖，歷史記錄和瓊脂糖凝膠以及以矢量格式粘貼到macOS上的Microsoft Office的支持

• 添加了對(duì)具有以下功能類型的以下限定符的支持。外顯子和內(nèi)含子：/tran_spicing; misc_recomb：/recombination_class; rep_origin：功能;來(lái)源：/metagenome_source;tRNA：operon。

• 改進(jìn)了功能限定符/recombination_class，/regulatory_class，/db_xref，/gap_type和/ncRNA_class可用的選項(xiàng)。

• 添加了“設(shè)置翻譯編號(hào)”的快捷方式

• 改進(jìn)了線性圖中酶的布局

• 從NCBI導(dǎo)入并打開(kāi)GenBank和EMBL文件時(shí)，改進(jìn)了ORF和非功能翻譯的遺傳密碼選擇

• 配置了用于參考DNA序列比對(duì)的工具，以便翻轉(zhuǎn)參考序列或重置數(shù)字原點(diǎn)將保留比對(duì)而不是重新計(jì)算它們

• 使用MilliporeSigma的DNA分子量標(biāo)記IV和VII時(shí)，提高了條帶的可見(jiàn)性

• 添加了新英格蘭生物實(shí)驗(yàn)室BsaI-HF?V2酶的供應(yīng)商信息

• 添加了Thermo Fisher（Invitrogen）Anza?酶的供應(yīng)商信息

• 進(jìn)行了各種文本，顏色和其他視覺(jué)增強(qiáng)

　　修復(fù)

• 防止復(fù)制的凝膠圖像粘貼到Microsoft Office時(shí)被剪切

• 修復(fù)了解碼一些RTF編碼的內(nèi)容（引物列表等）的問(wèn)題

• 改進(jìn)的T7啟動(dòng)子和其他非翻譯特征的檢測(cè)

• 確保末端磷酸鹽永遠(yuǎn)不會(huì)出現(xiàn)在蛋白質(zhì)序列的末尾

• 通過(guò)按Escape鍵可以關(guān)閉“許可協(xié)議”對(duì)話框

• 修復(fù)了導(dǎo)入文件后消失的“另存為”對(duì)話框，然后在頂部工具欄的“保存”按鈕菜單中選擇“保存”的問(wèn)題

• 在打印或保存EULA時(shí)省略了背景色

• 在查看蛋白質(zhì)序列窗口時(shí)，刪除了各種不相關(guān)的禁用菜單命令

• 防止在按下Opt時(shí)工具欄頂部菜單中的“保存”命令更改為“全部保存”

• 更正了從BED和Genome Compiler文件導(dǎo)入的反向特征的轉(zhuǎn)換

• 添加了一個(gè)要求，即TA和GC克隆對(duì)話框中的插入序列<50kb

• 校正了各種標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒，使其在圖譜標(biāo)簽中不包含“（線性化）”

• 糾正了各種TOPO?載體的終點(diǎn)修飾

• 確保在功能限定符和“描述面板”字段中正確顯示上標(biāo)和下標(biāo)

• 允許刪除多個(gè)序列比對(duì)中的缺口

• 刪除多個(gè)序列比對(duì)中的缺口后，通過(guò)撤銷提高了穩(wěn)定性

• 當(dāng)光標(biāo)置于對(duì)齊窗口中時(shí)，啟用“編輯—?jiǎng)h除”

• 修復(fù)了在使用“全選”和“選擇范圍”命令后，菜單更新以反映多序列比對(duì)中的選擇的各種問(wèn)題

• 當(dāng)在路線中僅選擇間隙字符時(shí)，提供了“編輯——?jiǎng)h除間隙字符”命令

• 當(dāng)沒(méi)有內(nèi)容顯示時(shí)，確保保持分裂箭頭的正確位置

• 設(shè)置數(shù)字原點(diǎn)時(shí)，確保保持分裂箭頭的正確位置

• 改進(jìn)了“選擇范圍”對(duì)話框中空間的行為

• 提高了引物結(jié)合位點(diǎn)計(jì)算的準(zhǔn)確性，以確保長(zhǎng)環(huán)不會(huì)不適用于多個(gè)雜交拉伸

• 改進(jìn)了對(duì)基于IP的許可證的支持，尤其是在網(wǎng)絡(luò)連接發(fā)生更改或速度緩慢或暫時(shí)不可用時(shí)

• 查找操作期間增強(qiáng)的穩(wěn)定性

• 避免了在選擇替代密碼子對(duì)話框中選擇的遺傳密碼不兼容的密碼子使用表的問(wèn)題

• 確?！熬庉嬅艽a子使用情況表”始終顯示正確的遺傳密碼

• 修復(fù)了在未選擇氨基酸的情況下使用ORF上下文菜單中的“復(fù)制ORF翻譯”的問(wèn)題

• 切換到全屏模式時(shí)，防止隱藏頂部的工具欄

• 確保正確顯示間隙下游對(duì)齊的區(qū)域

• 如果單擊的窗口為激活，請(qǐng)確保右鍵單擊不會(huì)顯示上下文菜單

• 糾正了回歸，其中在“功能”和“入門”視圖中的“查找”控件下拉菜單中未列出最近的搜索

• 修復(fù)了切換完整描述后在“功能”視圖中出現(xiàn)柔和選擇的問(wèn)題

• 打開(kāi)某些CLC Bio文件時(shí)增強(qiáng)的穩(wěn)定性

• 改進(jìn)了在“功能”視圖中循環(huán)搜索結(jié)果時(shí)突出顯示的匹配項(xiàng)

• 使用“酶”，“功能”和“引物”視圖時(shí)，改進(jìn)了“編輯”菜單中的“查找”選項(xiàng)

• 在歷史視圖中使用“查找原型”時(shí)啟用輸入/返回和移位輸入/返回

• 改進(jìn)了“新的DNA/蛋白質(zhì)文件”對(duì)話框中粘貼的包含不尋常字符的豐富內(nèi)容的轉(zhuǎn)換

• 確保僅在“圖譜”和“序列”視圖中啟用“酶”菜單中的“顯示/隱藏酶”命令

• 在緊湊模式在顯示序列時(shí)，刪除了有關(guān)“序列”視圖中ORF的不必要警告

• 當(dāng)未選擇集合中的任何項(xiàng)目時(shí)，防止“編輯”—“查找”下列出空白命令

• 糾正了打開(kāi)MSF文件的問(wèn)題

• 可見(jiàn)集合時(shí)使用“全部保存”時(shí)提高了穩(wěn)定性

• 當(dāng)在結(jié)合中既看不到DNA蛋白質(zhì)文件也不顯示蛋白質(zhì)文件時(shí)，可以在“編輯”—“查找”下防止空白菜單操作

• 確保與參與者序列突出顯示的不匹配始終以正確的顏色顯示

• 改進(jìn)了MSF文件的打開(kāi)

• 防止了在嘗試刪除包含跨越數(shù)字原點(diǎn)的轉(zhuǎn)換特征的限制片段可能發(fā)證的掛起

• 已解決從Ensembl導(dǎo)入后最初在新創(chuàng)建的集合中顯示空文件列表的問(wèn)題

• 使用文件—將全部保存為集合中的許多編輯文件時(shí)，提高了穩(wěn)定性

• 修復(fù)了以下問(wèn)題：在保存文件之前未在列表中選中比對(duì)序列時(shí)，先前計(jì)算的與參考DNA序列比對(duì)的信息可能會(huì)丟失

• 在查看多重對(duì)齊時(shí)放置光標(biāo)時(shí)，禁用“編輯—?jiǎng)h除”

• 避免了將原始比對(duì)恢復(fù)到參考DNA序列時(shí)有時(shí)可能發(fā)生的問(wèn)題

• 解決了取消將序列與參考DNA序列重新比對(duì)的問(wèn)題

• 改進(jìn)了替換集合中的功能名稱時(shí)的行為。