1、聚丙烯酰胺的合成和結(jié)構(gòu)
聚丙烯酰胺凝膠是由丙烯酰胺(Acrylamide簡寫為Acr)和交聯(lián)劑甲叉雙丙烯酰胺(N,N1-methylene-bisacrylamide,簡寫B(tài)is)在催化劑的作用下,聚合交聯(lián)成含有酰胺基側(cè)鏈的脂肪族大分子化合物。上海創(chuàng)賽科技提供110-26-9,甲叉雙丙烯酰胺,N,N'-Methylenebisacrylamide,高純,99% ,商品編號:D23-S14002-100g,價格158元。
催化劑有兩個系統(tǒng)可供選用。
(1)過硫酸胺-四甲基乙二胺(N、N、N、N-Tetramethyl-ethylene Diamine,簡寫TEMED)系統(tǒng),其中過硫酸銨是引發(fā)劑。它在光照射下裂解成帶有自由基的硫酸銨,通過自由基的傳遞,使丙烯酰胺成為自由基,發(fā)動聚合反應(yīng)。TEMED是加速劑,加快引發(fā)劑釋放自由基的速度。
(NH4)2S2O8→→→→→(NH4)2SO4
(2)核黃素-TEMED 系統(tǒng),其中核黃素是引發(fā)劑,TEMED 是加速劑。這一催化劑系統(tǒng)需較強的光線和少量氧。上海創(chuàng)賽科技提供83-88-5,核黃素,Riboflavine,98%,商品編號:C16-R10027-100g,價格395元。
聚丙烯酰胺凝膠具有三維網(wǎng)狀結(jié)構(gòu),能起分子篩作用。用它作電泳支持物,對樣品的分離不僅取決于各組分所帶電荷的多少,也與分子大小有關(guān)。凝膠網(wǎng)孔的大小主要受成膠物的總濃度及Acr 和Bis 的比例的影響。一般電泳采用成膠物質(zhì)總濃度為7.5%,此濃度稱為標準凝膠濃度。如果改變總膠濃度,也應(yīng)相應(yīng)改變Acr和Bis的比例。
總膠濃度為5%以下時,Acr:Bis在20左右。
總膠濃度為5~10%時, Acr:Bis在40左右。
總膠濃度為5~20%時, Acr:Bis在125~200左右。
實驗中應(yīng)根據(jù)分子量大小,選擇合適的凝膠總濃度和Acr和Bis的比例。
2、不連續(xù)聚丙烯酰胺凝膠電泳的基本原理
不連續(xù)聚丙烯酰胺凝膠電泳是在聚丙烯酰胺凝膠支持物的介質(zhì)緩沖液組成、緩沖液pH、凝膠孔徑和電勢梯度不連續(xù)的條件下進行的電泳。不連續(xù)聚丙烯酰胺凝膠電泳有較高的分辨率。這是因為分離過程中不僅有電荷效應(yīng)和分子篩效應(yīng)(存在于分離膠中),而且還有一種獨特的濃縮效應(yīng)。下面簡單介紹不連續(xù)園盤電泳的基本原理:
(1)濃縮效應(yīng)
不連續(xù)園盤電泳一般是在小玻璃管內(nèi)進行的。把三種性質(zhì)不完全一樣的聚丙烯酰胺凝膠重疊起來。如圖4-3所示,上層為樣品膠,中間為濃縮膠,這兩層膠的凝膠濃度為3%是大孔膠,應(yīng)用Tris-HCl 緩沖液,其pH6.7。下層是分離膠,此層凝膠總濃度為7.5%,是小孔膠,也用Tris-HCl 緩沖液,pH8.9。上下電極槽緩沖液是Tris-甘氨酸緩沖液,pH=8.3。通電后,向陽極泳動的陰離子有三種,即Cl -,蛋白質(zhì)陰離子(Pr -)和甘氨酸陰離子(Gly -)。在樣品膠及濃縮膠pH=6.7 的環(huán)境下HCl 全部電離為Cl-,甘氨酸僅極少部分電離為Gly-(甘氨酸pI=6.0),一般酸性蛋白質(zhì)也解離為陰離子。這樣,Cl –泳動最快(稱快離子),Gly-泳動最慢(稱慢離子),蛋白質(zhì)介于其間。通電后,快離子很快超過蛋白質(zhì)離子和Gly-,泳動到最前面。于是,快慢離子之間形成一個離子濃度低的區(qū)域,即低電導(dǎo)區(qū)域,低電導(dǎo)區(qū)域有較高的電壓梯度。電壓梯度驅(qū)動慢離子加速泳動。這樣,當快慢離子移動速度相等時,就建立一個不斷向陽極移動的界面。Pr –的泳動速度恰好介于快慢離子之間。因而被擠壓在快慢離子之間形成一條窄帶。這種濃縮作用可使蛋白質(zhì)濃縮數(shù)百倍。血清蛋白在紙上電泳和醋酸纖維素薄膜電泳上僅可分成5-7個組分。而在聚丙烯酰胺凝膠電泳上則可以分為20-30個組分。
(2)電荷效應(yīng)
蛋白質(zhì)樣品在界面處被濃縮成一狹窄的高濃度蛋白質(zhì)區(qū),但由于每種蛋白質(zhì)分子所帶有效電荷不同,因而泳動率也不同,因此各種蛋白質(zhì)就按泳動率快慢順序排列成一個一個圓盤區(qū)帶。在進入分離膠時,電荷效應(yīng)仍起作用。
(3)分子篩效應(yīng)
當被濃縮的蛋白質(zhì)樣品從濃縮膠進入分離膠時,pH值和凝膠孔徑突然改變,選擇分離膠的pH 值8.9 接近甘氨酸的Pka 值(9.7-9.8),這樣慢離子的解離度增大,因而它的有效泳動率也增加。此時慢離子的有效泳動率超過了所有蛋白質(zhì)的有效泳動率。這樣,高電勢梯度不存在了,各種蛋白質(zhì)僅會由于其分子量或構(gòu)型的不同,在一個均一的電勢梯度和pH 條件下,根據(jù)其通過一定孔徑的分離膠時所受阻滯程度的不同,表現(xiàn)出不同的泳動率而被分開。上海創(chuàng)賽科技提供4530-20-5,叔丁氧羰基-L-甘氨酸,≥98.5%,商品編號:D16-1000956-25g,價格204元。
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